使用 R 中的正 x 轴为两组水平绘制条形图

Posted 2023-02-16

【中文标题】使用 R 中的正 x 轴为两组水平绘制条形图

【英文标题】：Plot barplot horizontaly for two groups using positive x axis in R

【发布时间】：2019-11-21 09:45:44

【问题描述】：

给定以下矩阵

df <- matrix(c(10,8, 20, 6, 20, 25,"exp", "cnt", "exp","cnt","exp","cnt","gene1","gene1","gene2","gene2","gene3","gene3"), 
nrow=6, dimnames=list(c("1", "2", "3","4","5","6"),c("Abundance", "Group","gene")  )) 

我想水平绘制两组“exp”和“cnt”的条形图，由一条垂直线在零处分隔，y 轴显示对应于每个基因的正值，x 轴显示基因名称。 举个例子：

我使用 ggplot 尝试了以下代码，但没有成功。

ggplot(df, aes(x=gene))+
  geom_bar(aes(y=Abundance, fill="exp"), stat="identity")+
  geom_bar(aes(y=-Abundance, fill="cnt"),  stat="identity")+
  scale_fill_manual("Group",values=c(exp="red",cnt="green"))+
  labs(y="Abundance")+coord_flip()

有什么建议吗？

【问题讨论】：

不工作怎么办？这就是为什么要具体化的好处：当我运行你的代码时，我收到一条错误消息，非常清楚地告诉我数据需要是一个数据框。你有别的东西吗？

是的..这是真的。除了生成数据框之外，我还遇到了一些问题，即为两组设置正 x 值并显示对应于每个组的正确基因值。

【参考方案1】：

您的代码是正确的，但您的问题是您将 data.frame 设为矩阵。 ggplot 仅将 data.frames 作为输入。第二个问题是矩阵只能保存一种数据类型，因此它将所有内容都转换为字符（因此，当您尝试将 Abundance 设为负数时会出错）

将您的数据放入 data.frame 中，它将起作用：

library(tidyverse)

df <- tibble(Abundance = c(10, 8, 20, 6, 20, 25), 
             Group = c("exp", "cnt", "exp", "cnt", "exp", "cnt"),
             gene = rep(paste0("gene", 1:3), each = 2))
df
#> # A tibble: 6 x 3
#>   Abundance Group gene 
#>       <dbl> <chr> <chr>
#> 1        10 exp   gene1
#> 2         8 cnt   gene1
#> 3        20 exp   gene2
#> 4         6 cnt   gene2
#> 5        20 exp   gene3
#> 6        25 cnt   gene3

ggplot() + 
    geom_bar(data = filter(df, Group == "cnt"), 
             aes(x = gene, y = Abundance, fill = Group),
             stat = 'identity', position = 'stack') + 
    geom_bar(data = filter(df, Group == "exp"), 
             aes(x = gene, y = -Abundance, fill = Group), 
             stat = 'identity', position = 'stack') + 
    coord_flip() + 
    geom_hline(yintercept = 0, linetype = "dashed")

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2019 年 7 月 11 日创建}

【讨论】：

谢谢。似乎该图对两组显示相同的值，而在 df 中它们对于每个基因都不同。运行一个类似的脚本我遇到了同样的问题（镜面反射值和负/正轴）。您知道如何将两个组的 x 轴设置为正值并显示与每个基因/组的值对应的条吗？