连接 R 和 Julia？

Posted 2023-02-16

【中文标题】连接 R 和 Julia？

【英文标题】：Linking R and Julia?

【发布时间】：2012-04-15 11:35:18

【问题描述】：

Julia 在快速和语法健全的计算方面看起来非常有前途（例如here），但我怀疑在一段时间内就整体统计工作流程而言它不会接近 R。所以我想在 C++ 主要用于 R 程序的地方使用它：优化代码的慢部分。不过，在我花时间学习 Julia 之前，我很好奇有哪些工具可以将 Julia sn-ps 嵌入到 R 代码中。

所以：

有哪些设施可以 在从零到 Rcpp 的范围内，它们的稳健性和经过深思熟虑的程度如何？

我想从 R 中调用 Julia，就像 Rcpp 现在允许从 R 中调用 C++一样。我不想给 Julia 打电话。 （所以 RCall.jl 不起作用）

【问题讨论】：

我的猜测是你会成为一个非常早期的采用者并受到这些惩罚。我很乐意犯错 - 我也很乐意让你完成这项工作并为我们的中等采用者铺平道路......

他们在性能基准测试中使用的函数似乎是使用 R 的一种非常不寻常的方式：github.com/JuliaLang/julia/blob/master/test/perf/perf.R。这几乎就像将柴油放入法拉利......

我有一个 Julia-to-R 桥大致工作 (github.com/lgautier/Rif.jl)。反过来取决于 Julia 端的工作仍在进行中。

@lgautier 我真诚地希望你能设法恢复你的工作。见鬼，如果有一个 kickstarter 页面来支持这一点，我肯定会在那里。

@James 链接已损坏 - 新链接似乎是 github.com/JuliaLang/julia/blob/master/test/perf/micro/perf.R

【参考方案1】：

我也是have been looking at Julia ever since Doug Bates sent me a heads-up in January。但就像@gsk3 一样，我用“Rcpp 量表”来衡量它，因为我想将丰富的 R 对象传递给 Julia。现在似乎根本不支持。

Julia 有一个漂亮而简单的 C 接口。这让我们得到了像.C() 这样的东西。但正如最近在 r-devel 上所讨论的，你真的不想要 .C()，在大多数情况下你宁愿想要 .Call() 以便传递代表真实 R 对象的实际 SEXP 变量。因此，由于这个限制，现在我认为 R 中的 Julia 的应用范围很小。

也许在 Julia 稍微成熟之前，使用 tcp/ip 到 Rserve 的间接接口可能是第一个开始，我们得到一个合适的 C++ 接口。或者我们使用基于 Rcpp 的东西从 R 到 C++，然后我们进入一个中间层[有人必须编写]，从中我们将数据馈送到 Julia，就像实际的 R API 只提供一个 C 层一样。我不知道。

最终，可能需要一些耐心。大约在 1996 年或 1997 年，当 Fritz Leisch 在 comp.os.linux.announce 新闻组上发布第一个公告时，我开始关注 R。那时 R 的设施相当有限（但是 S 语言的全部承诺，当然，我们知道我们有一个赢家）。几年后，我准备将其作为我的主要建模语言。当时 CRAN 的包裹还不到 100 个……

朱莉娅很可能会到达那里。但就目前而言，我怀疑我们中的许多人会在 R 中完成工作，并且对 Julia 有一些好奇的一瞥。

【讨论】：

据我所知，julia 没有计划让静态编译器允许嵌入到 C++ 中，我们可能需要等待一段时间

【参考方案2】：

RJulia R 包现在从 R 看起来相当不错。R CMD check 运行时没有警告或错误（如果正确安装了 julia）。

在我看来，最大的 TODO 是让 Julia 返回命名列表，这些列表构成了 R 中真正基本的灵活通用数据结构。

请注意，Doug Bates 提醒我 RCall 是从 Julia 到 R 的双向接口（即，除了 R 到 Julia 的另一个方向）。此外，Doug 建议针对 julia 0.4.0 而不是当前的稳定版 julia。

自上述编写以来，又出现了几个接口： 现在（2021-04），我们有 R 包

JuliaCall (~2017) 将 Julia 嵌入到 R 中，并得到积极维护 available from CRAN。 JuliaConnectoR (~2019)，也可从 CRAN 获得，其目标更高，例如，直接将 julia 对象导入 R

【讨论】：

目前接受的答案已经过时。目前从 R 调用 Julia 的最佳方式是 JuliaCall（参见下面的 Consistency 的答案），顺便说一句，这取决于 RCall.jl（Julia 包从 Julia 调用 R）。

谢谢@Levasco。你是对的“到目前为止”。我承认事情正在发生变化，5.2 年前的“最佳”现在不再是。

现在是 Julia 1.6。朱莉娅有Dict、OrderedDict、DataFrames、命名Vectors、Tuples、NamedArrays，我可能忘记了一些。

确实，是时候更新了。谢谢@PatrickT

非常感谢马丁！ :-)

【参考方案3】：

正如我在this answer 中所描述的，Julia 开发计划是允许将 Julia 代码编译到共享库中，可以使用 C ABI 调用。一旦发生这种情况，从 R 调用 Julia 代码就像调用 C/C++ 代码一样容易。然而，在这成为可能之前，还需要做大量的工作。

【讨论】：

这听起来很有希望。我（我认为其他人）认为 Julia 是 Matlab 当前使用方式的一个很好的替代品——对于计算量大的结果，仍然需要比 C 及其同类提供更多的数学直觉。为此，R 和 Julia 可能是一个了不起的补充。即使 Julia 取代了 R（坦率地说，我会接受），至少要十年后 Julia 中的统计库才会如此丰富，因此同时 R 和 Julia 之间的接口功能可以帮助打开-源统计计算蓬勃发展。

自从您写了这篇文章后，这种情况有变化吗？ （附：我 爱 Julia，感谢您的工作！）

【参考方案4】：

快速更新。自从提出这个问题以来，就有了一个 Julia 包的开始，它允许人们从 Julia 中调用 R 程序。

更多：https://github.com/lgautier/Rif.jl

【讨论】：

谢谢，但请参阅上面 lgautier 本人的 cmets。这是相反的方向。我想从 R 中给 Julia 打电话。

+1 因为在 Julia 这样狭窄的话题中，每条信息都非常有用

正如@AriB.Friedman 所说，这不是新信息——我们都想从 R 中调用 Julia，而不是反过来。

【参考方案5】：

我最近创建了一个名为 JuliaCall 的 R 包，它将 Julia 嵌入到 R 中。该包位于 CRAN 上。

https://cran.r-project.org/web/packages/JuliaCall/index.html

https://github.com/Non-Contradiction/JuliaCall

包的用法是这样的：

library(JuliaCall)
julia <- julia_setup()
julia_command("a = sqrt(2)"); julia_eval("a")
julia_eval("sqrt(2)")
julia_call("sqrt", 2)
julia_eval("sqrt")(2)

如您所见，您可以非常轻松地发送命令字符串和调用 Julia 函数。

还有一些 R 包使用 JuliaCall 包装 Julia 包，例如，

convexjlr 用于 R 中使用 Convex.jl 的有纪律的凸编程，它也在 CRAN 上。 ipoptjlr，内部点优化器 (IPOPT) 的 R 接口，使用 Julia 包 Ipopt.jl。

欢迎对JuliaCall提供任何反馈！！

【讨论】：

您能帮帮我吗？我如何使用JuliaCall 退出 Julia？我在 R 上运行代码，并在管道的一部分中计算 Julia 上的混合模型（使用 JuliaCall）。所以，我想在混合模型执行完成后杀死 julia 进程。可能吗？我尝试julia_command("exit()")，但它也杀死了 R 会话:(

@red_quark 一般不需要杀死 julia 进程。有什么具体原因吗？如果是这样，也许您可​​以在 *** 或 github 上发布另一个问题。

这是向操作系统释放 RAM（分配给 Julia 进程）所必需的。我在 *** 上已经有这样的问题了：***.com/questions/61000913/…

@red_quark 要释放内存，可以在 julia 中释放内存，而不是关闭 julia。比如注意全局变量，尽量使用函数。我最近在 GitHub 上回答了一个类似的问题。也许它对你有帮助。 github.com/Non-Contradiction/JuliaCall/issues/139>

【参考方案6】：

有人看过这个项目吗？

https://github.com/armgong/RJulia

相当新，但似乎完全符合要求！

【讨论】：

感谢您的提示。确实，如果可行，这将是解决方案。我尝试安装（使用最新的 R 3.1.2 补丁）和 julia（0.4.0-dev .. 于 2014 年 12 月 30 日更新为 ubuntu 包）。然后编译失败，我打开了 github 问题 github.com/armgong/RJulia/issues/10 让我们希望我们能更进一步......很快

有什么进展吗？我从他们的 github repo 收到了非常活跃的开发通知，所以我想这些问题正在被解决......

确实！没有在这里跟进——但是在上面的问题页面上：主要问题都被删除了。我自愿让软件包更接近可发布（对 CRAN），即通过添加有用的帮助页面。但不幸的是，我在其他忙碌的事情上太忙了，所以现在必须等待（对我来说）。

【参考方案7】：

还有来自XR 系列的XRJulia package 包旨在eX倾向于R John Chambers（R 的创建者之一）。它使用稍微不同的方法 (JSON) 在 Julia 和 R 之间传输数据，然后在 rJulia 和类似包之间传输。

【参考方案8】：

您可能还想看看我的尝试：JuliaConnectoR R-package。该软件包可从GitHub 和CRAN 获得。

它的目标是直接在 R 中从 Julia 导入函数，这样它们就可以像 R 代码中的 R 函数一样使用。 Julia 函数的返回值被转换为 R 数据结构，可以在 R 中使用，也可以传回给 Julia。 为了进一步集成 Julia 和 R，还可以通过将 R 函数作为回调函数传递来从 Julia 回调到 R。

与 XRJulia 类似，JuliaConnectoR 依赖于 TCP，但它以功能为导向，并使用优化的自定义流格式，而不是 XRJulia 所做的基于文本的 JSON 消息。 通过 TCP 进行通信的一个优势是相对于不同版本的 Julia 和 R 的稳定性。这在 RCall 和 JuliaCall 等 C 接口级别的集成中更难维护。

该软件包适用于 Julia ≥ 1.0 和各种 R 版本。