在多个输入文件上运行shell程序[重复]

Posted 2023-02-24

【中文标题】在多个输入文件上运行shell程序[重复]

【英文标题】：Run shell program on multiple input files [duplicate]

【发布时间】：2015-12-19 00:39:26

【问题描述】：

如何设置命令行程序来运行文件夹中的所有输入文件？ 假设我的输入文件的名称如下所示，并且在_ 和.txt 之间的部分有所不同：

IsomiR_377G.txt,
IsomiR_377R.txt,
IsomiR_379G.txt,
....

我的任何程序都被命名为bowtie，并且有两个选项input 和output

bowtie -i IsomiR_377G.txt -o IsomiR_377G.sam

正在考虑类似的事情：

for f in IsomiR_*.txt
do
    bowtie -i "$f"  -o "Output$f#IsomiR" 
done

我的 awk 函数也有类似的问题：

for f in IsomiR_*.txt 
do 
awk 'printf ">%s_%s\n %s\n",$1,$2,$1;' "$f" > "Header$f#IsomiR" 
done

-bash: syntax error near unexpected token `>'

【问题讨论】：

在写你的问题时请小心。您使用了多种开关（-q/-s 与 -i/-o）并显示了与您列出的文件不同的命令示例。列表中第一个文件的确切命令是什么？看来您在 bash 的字符串操作方面处于正确的位置；你到底卡在哪里了？

已更新。它看起来正确吗？也许只是打字错误..

好的，您已经更改了开关以使其匹配。文件名呢？你如何从IsomiR_377G.txt 到input1.txt？

您在 awk 代码中遇到的问题似乎完全不相关 - 我建议您删除它并专注于使您的原始问题更清晰。

【参考方案1】：

假设你有这三个输入文件：

IsomiR_377G.txt
IsomiR_377R.txt
IsomiR_379G.txt

并想运行相应的命令：

bowtie -i IsomiR_377G.txt -o output377G.sam
bowtie -i IsomiR_377R.txt -o output377R.sam
bowtie -i IsomiR_379G.txt -o output379G.sam

那么您可以使用类似于您问题中的循环：

for f in IsomiR_*.txt; do 
    base_name=$f%.txt
    id=$base_name#*_
    bowtie -i "$f" -o "output$id.sam"
done

这会删除.txt 后缀以及导致第一个_ 的所有内容，以获取用于输出文件名的ID。