在 ggplot2 中创建密度直方图？

Posted 2023-02-23

【中文标题】在 ggplot2 中创建密度直方图？

【英文标题】：Creating a density histogram in ggplot2?

【发布时间】：2014-01-30 10:47:18

【问题描述】：

我想用ggplot2 创建下一个直方图密度图。以“正常”方式（基础包）非常简单：

set.seed(46)
vector <- rnorm(500)  
breaks <- quantile(vector,seq(0,1,by=0.1))
labels = 1:(length(breaks)-1)
den = density(vector)
hist(df$vector,
     breaks=breaks,
     col=rainbow(length(breaks)),
     probability=TRUE)
lines(den)

到目前为止，使用 ggplot 我已经达到了这一点：

seg <- cut(vector,breaks,
           labels=labels,
           include.lowest = TRUE, right = TRUE)
df = data.frame(vector=vector,seg=seg)

ggplot(df) + 
     geom_histogram(breaks=breaks,
                    aes(x=vector,
                        y=..density..,
                        fill=seg)) + 
     geom_density(aes(x=vector,
                      y=..density..))

但是“y”比例尺的尺寸有误。我注意到下一次运行得到正确的“y”比例。

 ggplot(df) + 
     geom_histogram(breaks=breaks,
                    aes(x=vector,
                    y=..density..,
                    fill=seg)) + 
     geom_density(aes(x=vector,
                      y=..density..))

我只是不明白。 y=..density.. 在那里，应该是高度。那么，当我尝试填充它时，为什么我的比例会被修改呢？

我确实需要颜色。我只想要一个直方图，其中每个块的中断和颜色是根据默认的 ggplot 填充颜色定向设置的。

【问题讨论】：

我编辑了您提交的内容，以便代码适合页面。您可能对 Google 关于如何编码以获得最大可读性和实用性的建议感兴趣：请参阅 google-styleguide.googlecode.com/svn/trunk/Rguide.xml

【参考方案1】：

我手动为您的百分位条添加了颜色。看看这是否适合你。

library(ggplot2)

ggplot(df, aes(x=vector)) +   
   geom_histogram(breaks=breaks,aes(y=..density..),colour="black",fill=c("red","orange","yellow","lightgreen","green","darkgreen","blue","darkblue","purple","pink")) + 
   geom_density(aes(y=..density..)) +
   scale_x_continuous(breaks=c(-3,-2,-1,0,1,2,3)) +
   ylab("Density") + xlab("df$vector") + ggtitle("Histogram of df$vector") +
   theme_bw() + theme(plot.title=element_text(size=20),
                      axis.title.y=element_text(size = 16, vjust=+0.2),
                      axis.title.x=element_text(size = 16, vjust=-0.2),
                      axis.text.y=element_text(size = 14),
                      axis.text.x=element_text(size = 14),
                      panel.grid.major = element_blank(),
                      panel.grid.minor = element_blank())

【讨论】：

谢谢，我一直在寻找替代解决方案，但最终选择了您的解决方案。

【参考方案2】：

fill=seg 导致分组。对于seg 的每个值，您实际上得到了不同的直方图。如果你不需要颜色，你可以使用这个：

ggplot(df) + 
  geom_histogram(breaks=breaks,aes(x=vector,y=..density..), position="identity") + 
  geom_density(aes(x=vector,y=..density..))

如果您需要颜色，在 ggplot2 之外计算密度值可能是最简单的方法。

【讨论】：

对不起，我不明白你的评论。

【参考方案3】：

或者ggpubr的选项

library(ggpubr)
gghistogram(df, x = "vector", add = "mean", rug = TRUE, fill = "seg",
   palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#E5A800", "#00BFAB", "#01ADFA", 
   "#00FABA", "#00BEAF", "#01AEBF", "#00EABA", "#00EABB"), add_density = TRUE)

【参考方案4】：

关于解释 y-axis 的混淆可能是由于密度被绘制而不是计数。因此，y-axis 上的值是总样本的比例，其中 条形的总和等于 1。