从 R 中的系统调用捕获退出状态和输出

Posted 2023-02-22

【中文标题】从 R 中的系统调用捕获退出状态和输出

【英文标题】：Capture both exit status and output from a system call in R

【发布时间】：2011-10-24 06:03:41

【问题描述】：

我一直在玩system() 和system2() 来取乐，令我震惊的是我可以将输出或退出状态保存在一个对象中。一个玩具例子：

X <- system("ping google.com",intern=TRUE)

给我输出，而

X <- system2("ping", "google.com")

给我退出状态（在这种情况下为 1，谷歌不接受 ping）。如果我想要输出和退出状态，我必须进行 2 次系统调用，这似乎有点矫枉过正。仅使用一个系统调用如何实现两者？

编辑：如果可能的话，我希望将两者都放在控制台中，而无需在 system2 调用中使用 stdout="somefile.ext" 并随后将其读入。

【问题讨论】：

您使用的是 Linux 还是 Windows？我什至无法让 stdout="somefile.ext" 在 Windows 上运行，但它在 Linux 上运行良好......

我建议将linux 与您使用的任何外壳一起添加到您的标签中。这可以邀请操作系统专家的一些解决方案。

向 OP 和 @Gavin 道歉，我可能弄错了：我认为这是明确或隐含的 Linux，但我看到 OP 甚至没有提到 Linux，据我所知，它可能是另一个操作系统.

它不是 Linux，甚至不是特定于操作系统的。这是关于 R 代码的。

【参考方案1】：

从 R 2.15 开始，system2 将在 stdout 和/或 stderr 为 TRUE 时将返回值作为属性提供。这使得获取文本输出和返回值变得容易。

在这个例子中，ret 最终是一个带有属性"status" 的字符串：

> ret <- system2("ls","xx", stdout=TRUE, stderr=TRUE)
Warning message:
running command ''ls' xx 2>&1' had status 1 
> ret
[1] "ls: xx: No such file or directory"
attr(,"status")
[1] 1
> attr(ret, "status")
[1] 1

【参考方案2】：

我对你对 system2 的描述有点困惑，因为它有 stdout 和 stderr 参数。所以它能够返回退出状态，stdout 和 stderr。

> out <- tryCatch(ex <- system2("ls","xx", stdout=TRUE, stderr=TRUE), warning=function(w)w)
> out
<simpleWarning: running command ''ls' xx 2>&1' had status 2>
> ex
[1] "ls: cannot access xx: No such file or directory"
> out <- tryCatch(ex <- system2("ls","-l", stdout=TRUE, stderr=TRUE), warning=function(w)w)
> out
 [listing snipped]                  
> ex
 [listing snipped]

【讨论】：

+1 非常好。顺便说一句，欢迎来到 SO，不是每个人都会阅读 R 命令的帮助信息。 ;-)

+1，因为它使用了 R 的内部警告和错误技巧。我可以从警告消息中删除退出状态。我知道我可以使用 stdout=TRUE，但退出状态是我主要关心的问题。这就是我没有这样做的原因。

似乎无论如何都是这样做的，所以这将是公认的答案。

当我运行第一个命令 (ls xx) 时，我收到了与 out 相同的警告消息，但根本没有设置 ex。这适用于 Mac 和 Linux 上的 R 2.14.2。有没有其他方法可以做到这一点？

【参考方案3】：

我建议在这里使用这个功能：

robust.system <- function (cmd) 
  stderrFile = tempfile(pattern="R_robust.system_stderr", fileext=as.character(Sys.getpid()))
  stdoutFile = tempfile(pattern="R_robust.system_stdout", fileext=as.character(Sys.getpid()))

  retval = list()
  retval$exitStatus = system(paste0(cmd, " 2> ", shQuote(stderrFile), " > ", shQuote(stdoutFile)))
  retval$stdout = readLines(stdoutFile)
  retval$stderr = readLines(stderrFile)

  unlink(c(stdoutFile, stderrFile))
  return(retval)

这仅适用于接受 > 和 2> 符号的类 Unix shell，并且 cmd 参数不应重定向输出本身。但它确实有效：

> robust.system("ls -la")
$exitStatus
[1] 0

$stdout
 [1] "total 160"                                                      
 [2] "drwxr-xr-x  14 asieira  staff    476 10 Jun 18:18 ."            
 [3] "drwxr-xr-x  12 asieira  staff    408  9 Jun 20:13 .."           
 [4] "-rw-r--r--   1 asieira  staff   6736  5 Jun 19:32 .Rapp.history"
 [5] "-rw-r--r--   1 asieira  staff  19109 11 Jun 20:44 .Rhistory"    

$stderr
character(0)

【讨论】：

谢谢，这很好用！这确实应该是 R 中的默认功能。