使用 survminer::ggsurvplot 在 r 中以编程方式绘制许多生存曲线的问题

Posted 2023-02-19

【中文标题】使用 survminer::ggsurvplot 在 r 中以编程方式绘制许多生存曲线的问题

【英文标题】：issues using survminer::ggsurvplot to plot many survival curves programmatically in r

【发布时间】：2019-06-08 23:57:23

【问题描述】：

我可以使用 ggsurvplot 绘制如下图所示的单个 Kaplan-Meier 图：

library(survminer)
library(survival)
fit1 = survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
ggsurvplot(fit1, data = lung)

但是，我需要以编程方式绘制许多 KM 图。我需要将不同的变量作为字符串传递。我在下面试过。

fml = as.formula(paste('Surv(time, status)~', 'sex'))
fit2 = survfit(fml, data = lung)
ggsurvplot(fit2, data = lung)

令人惊讶的是，这不起作用。我收到以下错误消息：

Error: object of type 'symbol' is not subsettable

我不知道为什么会这样。有谁知道如何解决这一问题？非常感谢。

【问题讨论】：

github.com/kassambara/survminer/issues/252

fit2 <- do.call(survfit, args = list(formula = fml, data = lung))

【参考方案1】：

正如Aidan's comment 中的链接所建议的，您需要使用函数survminer::surv_fit()，它是survival::survfit() 的包装器。所以，在你的例子中，

library(survminer)
library(survival)
 # lung is distributed as an object, survival::lung
fit1 = surv_fit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
ggsurvplot(fit1, data = lung)

然后可以绘制来自surv_fit(object.formula) 的输出

fml = as.formula(paste('Surv(time, status)~', 'sex'))
fit2 = surv_fit(fml, data = lung)
ggsurvplot(fit2, data = lung)

在surv_fit 帮助页面中，它还显示了如何拟合公式列表。