手动创建树状图 r

Posted 2023-02-19

【中文标题】手动创建树状图 r

【英文标题】：manually create a dendrogram r

【发布时间】：2019-09-09 00:31:57

【问题描述】：

我正在尝试根据我不是通过 hclust 或任何其他方式获得的相似性分数来创建树状图。我有两个分支，只是想根据它们的相似程度将它们画出来，然后将它们分支出来。

A 和 B 相似度为 0.5 A 是 0.2 唯一的 B 是 0.3 唯一

所以 A 的总高度是 0.7，B 的总高度是 0.8，它们的 0.5 个分支是共享的。

下面只是做了两个分支，没有连接两个叶子的长分支。有this similar question，但是用处不大！

x <- list(1, 2)
## attach "leaf" and "label" attributes to leaf nodes
attr(x[[1]], "leaf") <- TRUE
attr(x[[2]], "leaf") <- TRUE
attr(x[[1]], "label") <- "A"
attr(x[[2]], "label") <- "B"

## set "height" attributes for all nodes
attr(x, "height") <- 1
attr(x[[1]], "height") <- (1-0.7)
attr(x[[2]], "height") <- (1-0.8)

## set "midpoints" attributes for all nodes
attr(x, "midpoint") <- 1
attr(x[[1]], "midpoint") <- 0.5
attr(x[[2]], "midpoint") <- 0.5

## set "members" attributes for all nodes
attr(x, "members") <- 2
attr(x[[1]], "members") <- 1
attr(x[[2]], "members") <- 1

## set class as "dendrogram" 
class(x) <- "dendrogram"
x
plot(x)

【参考方案1】：

您可以创建一个函数来构建叶子。添加属性的高度和总高度。 n 和 n1 是 A 和 B 的叶子，n2 是组合的叶子，通过更改类转换为树状图。

Attr = function(o, plus_) 
        if (!missing(plus_)) for (n in names(plus_))  attr(o, n) = plus_[[n]]; 
        o


n = Attr("A", list(label = "A", members = 1, height = 0.2, leaf = T));
n1 = Attr("B", list(label = "B", members = 1, height = 0.3, leaf = T));

n2 = Attr(list(n, n1), list(members = 2, height = 1, midpoint = 0.5));
class(n2) = 'dendrogram';
plot(n2)