如何将lmd文件转换为csv？ 【流式细胞仪数据】

Posted 2023-02-14

【中文标题】如何将lmd文件转换为csv？ 【流式细胞仪数据】

【英文标题】：how to convert lmd file to csv? [Flow Cytometry data]

【发布时间】：2022-01-17 17:41:13

【问题描述】：

lmd 文件扩展名通常用于生成流式细胞仪数据。但这不能直接用于 R 或 Python 中的处理。有没有办法以某种方式将其转换为 csv 或某些知名格式？

【问题讨论】：

请提供足够的代码，以便其他人更好地理解或重现问题。

【参考方案1】：

这有点棘手。到目前为止，我还没有遇到任何这样的直接转换功能。也许，fcs 是流式细胞术的一种更常见的格式。因此，我们首先需要将 lmd 转换为 fcs，然后再转换为 csv 格式。

第 1 步：lmd 到 fcs [使用 R]

# install
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("flowCore")

# convert
library(tools) # for file_path_sans_ext

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(version = '3.10')

BiocManager::install("flowCore")
library(flowCore)

in.fname <- 'Filename.LMD'
folder <- '/home/User/Desktop/Data/'
x <- read.FCS(paste0(folder, in.fname))
summary(x)
out.fname <- paste0(file_path_sans_ext(in.fname), '.fcs')
write.FCS(x, paste0(folder, out.fname))

注意：分别用你想要的路径和文件名更改用户和文件名 您的 fcs 文件将保存在同一文件夹中。

来源：https://github.com/eyurtsev/FlowCytometryTools/issues/3

第 2 步：fcs 到 csv

这可以简单地使用 read.FCS() 函数读取 FCS 文件，然后使用 write.delim() 或 write.csv() 创建一个 .txt 或 .csv 文件。

来源：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/flowCore/inst/doc/HowTo-flowCore.pdf