在 `emmeans::joint_tests` 输出中将“:”替换为“x”

Posted 2023-02-18

【中文标题】在 `emmeans::joint_tests` 输出中将“:”替换为“x”

【英文标题】：Replace ":" with " x " in `emmeans::joint_tests` output

【发布时间】：2021-08-17 04:39:39

【问题描述】：

我从 tex exchange 提出了这个问题，因为它在那里没有引起太多关注我得到的答案不适用于超过 3 行的表格。请看看我如何更改我的代码。感谢您的关注。 https://tex.stackexchange.com/questions/594324/how-to-replace-all-with-or-x-in-an-anova-table

library(emmeans)
library(kableExtra)
neuralgia.glm <- glm(Pain ~ Treatment * Sex * Age, family=binomial, data = neuralgia)

model term        df1 df2 F.ratio p.value
 Treatment           2 Inf       0 1.0000 
 Sex                 1 Inf       0 0.9964 
 Age                 1 Inf       0 0.9941 
 Treatment:Sex       2 Inf       0 1.0000 
 Treatment:Age       2 Inf       0 1.0000 
 Sex:Age             1 Inf       0 0.9942 
 Treatment:Sex:Age   2 Inf       0 1.0000 

我想用 x 替换所有冒号并添加空间以便于查看。这就是我对gsub(":", " x ") 的尝试。 print(neuralgia.glm, export = T) 命令在编织时保持 p 值格式为 <0.0001 而不是 0。

这段代码只给了我一个 x。使用sub 或gsub 做同样的事情。

joint_tests(neuralgia.glm) %>%
  print(, export = T) %>% 
  gsub(":", " x ") %>%
  kable()

这段代码用“x”替换了冒号，但它破坏了表格。

gsub( "\\:", " x ", print(neuralgia.glm, export = T)) %>%
  kable() 

【参考方案1】：

注意gsub() 的参数顺序将x = 作为第三个​​ 参数，而不是第一个。所以你的管道不会工作。

解决方案：

library(emmeans)

neuralgia.glm <- glm(Pain ~ Treatment * Sex * Age, family=binomial, data = neuralgia)
#> Warning: glm.fit: fitted probabilities numerically 0 or 1 occurred

jt <- joint_tests(neuralgia.glm)

jt$`model term` <- gsub(":", " x ", jt$`model term`)

jt
#>  model term            df1 df2 F.ratio p.value
#>  Treatment               2 Inf       0 1.0000 
#>  Sex                     1 Inf       0 0.9970 
#>  Age                     1 Inf       0 0.9951 
#>  Treatment x Sex         2 Inf       0 1.0000 
#>  Treatment x Age         2 Inf       0 1.0000 
#>  Sex x Age               1 Inf       0 0.9952 
#>  Treatment x Sex x Age   2 Inf       0 1.0000

^{由reprex package (v2.0.0) 于 2021-06-07 创建}

【讨论】：

感谢您解释我的代码在哪里不合适，以及解决方案。