在由LM和GAM散点图组成的ggpairs(GGally)中添加R^2和P值
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【中文标题】在由LM和GAM散点图组成的ggpairs(GGally)中添加R^2和P值【英文标题】:Adding R^2 and P-value in ggpairs (GGally) composed of LM and GAM scatterplot 【发布时间】:2021-12-15 14:29:27 【问题描述】:我是 R 和 *** 的新手
我一直在寻找在配对图中呈现 R^2 和 P 值的代码,特别是对于 gam(上)和 lm(下)。但是,我坚持使用此代码:
library(tidyverse) # plotting and manipulation
library(grid) # combining plots
library(gridExtra) # combining plots
library(ggpubr) # combining plots
library(patchwork) # combining plots
library(ggfortify) # nice extension for ggplot
library(mgcv) #fitting gam models
library(GGally) # displaying pairs panel
sel1<-select(rekap,c('Total_Ni', 'Total_Mg', 'Total_Fe', 'CEC', 'pH','SWC'))## selecting column
str(sel1)
tibble [36 x 6] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
$ Total_Ni: num [1:36] 1750 1565 1249 853 959 ...
$ Total_Mg: num [1:36] 1468 1558 1164 813 915 ...
$ Total_Fe: num [1:36] 381 300 172 173 144 ...
$ CEC : num [1:36] 105 132 117 118 141 ...
$ pH : num [1:36] 4.21 4.22 4.49 4.43 4.05 4.09 5.21 5.27 4.32 4.29 ...
$ SWC : num [1:36] 435 511 497 517 621 ...
## Build function for upper and lower plots
my_fn1 <- function(data, mapping, method="gam", ...)
p <- ggplot(data = sel1, mapping = mapping) +
geom_point() +
geom_smooth(method=method,colour="blue", ...)
p
my_fn2 <- function(data, mapping, method="lm", ...)
p2 <- ggplot(data = sel1, mapping = mapping) +
geom_point() +
geom_smooth(method=method,colour="orangered2", ...)
p2
##Pairing with ggpairs
p1 <- ggpairs(sel1, columnLabels = c("Total Ni", "Total Mg", "Total Fe", "CEC", "pH","SWC"),
upper=list(continuous =my_fn1),
lower=list(continuous =my_fn2))+
theme_bw() + theme(axis.text.x=(element_text(size=rel(0.7), angle=0)),
axis.text.y=(element_text(size=rel(0.7), angle=0)), panel.grid.major = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(), panel.border = element_rect(fill = NA,colour = "grey35"))
这里的结果, Rplot
我一直在尝试构造更合适的代码,但没有成功。
【问题讨论】:
【参考方案1】:更新: 这是一个起点,而不是完整的解决方案。主要问题是要访问 gam 模型中的 R² 和 p.value。 不幸的是,在我的解决方案中,lm 模型中的 R² 和 p 应用于 gam 模型。
经过一番研究,我发现了这个Getting adjusted r-squared value for each line in a geom_smooth gam 和
stat_fit_glance and generalized additive models (GAM) error.
我将 sel1 替换为模拟数据:
我们正在使用来自ggpubr
的stat_cor
:
library(tidyverse) # plotting and manipulation
library(grid) # combining plots
library(gridExtra) # combining plots
library(ggpubr) # combining plots
library(patchwork) # combining plots
library(ggfortify) # nice extension for ggplot
library(mgcv) #fitting gam models
library(GGally) # displaying pairs panel
#sel1<-select(rekap,c('Total_Ni', 'Total_Mg', 'Total_Fe', 'CEC', 'pH','SWC'))## selecting column
mtcars1 <- mtcars %>% select(1:6)
mtcars1
## Build function for upper and lower plots
my_fn1 <- function(data, mapping, method="gam", ...)
p <- ggplot(data = mtcars1, mapping = mapping) +
geom_point() +
geom_smooth(method=method,colour="blue", ...)+
stat_cor(aes(label=paste("Pearson",..rr.label.., ..p.label.., sep = "~`,`~")),
method="pearson", label.y = 0)
p
my_fn2 <- function(data, mapping, method="lm", ...)
p2 <- ggplot(data = mtcars1, mapping = mapping) +
geom_point() +
geom_smooth(method=method,colour="orangered2", ...)+
stat_cor(aes(label=paste("Pearson",..rr.label.., ..p.label.., sep = "~`,`~")),
method="pearson", label.y = 0)
p2
p1 <- ggpairs(mtcars1, columnLabels = c("Total Ni", "Total Mg", "Total Fe", "CEC", "pH","SWC"),
upper=list(continuous =my_fn1),
lower=list(continuous =my_fn2))+
theme_bw() + theme(axis.text.x=(element_text(size=rel(0.7), angle=0)),
axis.text.y=(element_text(size=rel(0.7), angle=0)), panel.grid.major = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(), panel.border = element_rect(fill = NA,colour = "grey35"))
p1
【讨论】:
感谢您的快速回复@TarJae。如果我为每个特定的子图寻找确定系数(R^2),考虑到它们在我的数据集建模方面的差异,我错了吗?可能与 mgcv 链接,例如:my_fn2 我明白你的意思了!不幸的是,在我的解决方案中,来自 lm 模型的 R² 和 p 应用于 gam 模型。经过一番研究,我发现了这个 ***.com/questions/48627287/…> 和 ***.com/questions/58943575/…>。 :-( 我会留下这个答案。以上是关于在由LM和GAM散点图组成的ggpairs(GGally)中添加R^2和P值的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章
R语言使用GGally包的ggpairs函数可视化变量相关性分析图:包含散点图密度图柱状图箱图等并自定义数据点的大小
R语言使用GGally包的ggpairs函数可视化分组多变量的两两关系图对角线上连续变量密度图离散变量条形图两两关系图中包含散点图直方图箱图以及总体相关性和分组相关性分析
R语言使用GGally包的ggpairs函数可视化分组多变量的两两关系图对角线上连续变量密度图离散变量条形图两两关系图中包含散点图直方图箱图以及总体相关性和分组相关性分析
R语言使用GGally包的ggpairs函数可视化分组多变量的两两关系图设置alpha参数改变图像透明度对角线上连续变量密度图离散变量条形图两两关系图中包含散点图直方图箱图以及相关性数值
R语言使用GGally包的ggpairs函数可视化分组多变量的两两关系图编写自定义函数改变密度图曲线的透明度对角线上连续变量密度图离散变量条形图两两关系图中包含散点图直方图箱图相关性数值