Plotly 中的相关热图

Posted 2023-02-18

【中文标题】Plotly 中的相关热图

【英文标题】：Correlation Heatmap in Plotly

【发布时间】：2021-06-08 20:43:55

【问题描述】：

我使用我喜欢的 Seaborn 创建了一个下三角相关热图。现在尝试使用 Plotly 创建相同的内容。不幸的是，无法像使用 Seaborn 那样对其进行微调。

names = ['U', 'V', 'W', 'X', 'Y', 'Z']
r = pd.DataFrame(index = names, columns = names)
r['U'] = np.array([1.0,   0.53,    0.26,  0.63, 0.52, 0.65] )
r['V'] = np.array([0.53,   1.0,   -0.17, 0.83, 1, 0.85])
r['W'] = np.array([0.26,  -0.17,    1.0,  0.04, -0.15, 0.09])
r['X'] = np.array([0.63, 0.83, 0.04, 1, 0.83, 0.80])
r['Y'] = np.array([0.52, 1, -0.15, 0.83, 1, 0.86])
r['Z'] = np.array([0.65, 0.85, 0.09, 0.80, 0.86, 1.0])

print(r)

import seaborn as sns

# sns.set_theme(style="white")

mask = np.triu(np.ones_like(r, dtype=bool))

# Set up the matplotlib figure
f, ax = plt.subplots(figsize=(11, 9))

# Generate a custom diverging colormap
cmap = sns.diverging_palette(230, 20, n=256, as_cmap=True)

# Draw the heatmap with the mask and correct aspect ratio
sns.heatmap(r, 
            mask=mask, 
            cmap=cmap, 
            vmax=1, 
            vmin = -.25,
            center=0,
            square=True, 
            linewidths=.5,
            annot = True,
            fmt='.2f', 
            annot_kws='size': 10,
            cbar_kws="shrink": .75)

plt.title('Asset Correlation Matrix')
plt.tight_layout()
ax.tick_params(axis = 'x', labelsize = 8)
ax.set_ylim(len(corr)+1, -1)
# plt.savefig('corrTax.png', dpi = 600)

plt.show()

我正在尝试使用 Plotly 创建它。到目前为止，这是我能做的。

mask = np.triu(np.ones_like(r, dtype=bool))
rLT = r.mask(mask)

heat = go.Heatmap(
    z = rLT,
    x = rLT.columns.values,
    y = rLT.columns.values,
    zmin = - 0.25, # Sets the lower bound of the color domain
    zmax = 1,
    xgap = 1, # Sets the horizontal gap (in pixels) between bricks
    ygap = 1,
    colorscale = 'RdBu'
)

title = 'Asset Correlation Matrix'

layout = go.Layout(
    title_text=title, 
    title_x=0.5, 
    width=600, 
    height=600,
    xaxis_showgrid=False,
    yaxis_showgrid=False,
    yaxis_autorange='reversed'
)

fig=go.Figure(data=[heat], layout=layout)
fig.show()

我创建的 Seaborn 颜色图，我想在 Plotly 中创建类似的东西。我该怎么做？ 我能够控制轴标签的大小。 希望将值放入每个框（seaborn 中的annot 选项），带有舍入选项

【参考方案1】：

您可以使用 plotly.figure_factory 中的 plotly 函数 create_annotated_heatmap 而不是普通的 plotly 热图。此函数直接接受 numpy 数组而不是数据帧。 Official Reference 这是我的解决方案

corr = df.iloc.corr()
mask = np.triu(np.ones_like(corr, dtype=bool))
df_mask = corr.mask(mask)

fig = ff.create_annotated_heatmap(z=df_mask.to_numpy(), 
                                  x=df_mask.columns.tolist(),
                                  y=df_mask.columns.tolist(),
                                  colorscale=px.colors.diverging.RdBu,
                                  hoverinfo="none", #Shows hoverinfo for null values
                                  showscale=True, ygap=1, xgap=1
                                 )

fig.update_xaxes(side="bottom")

fig.update_layout(
    title_text='Heatmap', 
    title_x=0.5, 
    width=1000, 
    height=1000,
    xaxis_showgrid=False,
    yaxis_showgrid=False,
    xaxis_zeroline=False,
    yaxis_zeroline=False,
    yaxis_autorange='reversed',
    template='plotly_white'
)

# NaN values are not handled automatically and are displayed in the figure
# So we need to get rid of the text manually
for i in range(len(fig.layout.annotations)):
    if fig.layout.annotations[i].text == 'nan':
        fig.layout.annotations[i].text = ""

fig.show()

您可以使用@ottovon 指定的zmin 和zmax

也可以使用基本的热图，但我想需要通过指定一些函数来手动完成注释。

关于四舍五入注释，请参阅此Plotly: How to round display text in annotated heatmap but keep full format on hover? 线程。

此外，您可以参考Official Docs 来确定 xticks 的大小，同样可以为 yticks 做同样的事情。我还没有实际实现它们，但它们应该可以正常工作。

【参考方案2】：

黛比。 这是您第一个问题的答案。

我创建的 Seaborn 颜色图，我想在 Plotly 中创建类似的东西。我该怎么做？

您可以使用内置的colorscales in Plotly，可以通过Heatmap构造函数中的参数colorscale进行设置。另外，你可以设置 Plotly 的主题来摆脱丑陋的背景

import plotly.io as pio
import plotly.express as px
import plotly.graph_objects as go

pio.templates.default = "plotly_white"

go.Heatmap(
    z=corr.mask(mask),
    x=corr.columns,
    y=corr.columns,
    colorscale=px.colors.diverging.RdBu,
    zmin=-1,
    zmax=1
)

【讨论】：

谢谢。可以把数字放在盒子里吗？