安装旧版本的 R 包

Posted 2023-02-18

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【中文标题】安装旧版本的 R 包【英文标题】：Installing older version of R package 【发布时间】：2020-02-12 05:08:25 【问题描述】：

我正在尝试使用 Rpy2 和 ggplot2，但出现错误。在网上搜索了一些错误后，发现该错误是因为 ggplot2 包中存在尚未反映在 Rpy2 中的更改（例如，参见this post（编辑：链接现已失效））。

所以我现在需要安装旧版本的 ggplot2。这是我想要的伪代码：

install.packages("ggplot2", version='0.9.1')

但是install.packages does not have a version argument。我该怎么做？

【问题讨论】：

试试checkBuilt? ***.com/questions/16503554/… 【参考方案1】：

另一个选项是 groundhog 包。它通过指定日期帮助从 CRAN 安装较旧的软件包版本。当人们不记得特定的包版本，而是脚本仍在工作的时间时，这尤其有用。如果 ggplot2 版本 0.9.1 于 2012 年 5 月在 CRAN 上加载，因此我们可以从 6 月开始。

library("groundhog")
groundhog.library("ggplot2", "2012-06-01")

【讨论】：

【参考方案2】：

remotes 包提供了一个可以直接执行此操作的 install_version 函数。

require(remotes)
install_version("ggplot2", version = "0.9.1", repos = "http://cran.us.r-project.org")

以前，这个答案指向devtools 包，它还重新导出了install_version 函数。感谢@MichaelChirico 指出remotes 包更可取。

【讨论】：

您能否保留同一个包的多个版本，而不必每次您希望加载特定版本时都install_version？比如说library(ggplot2-0.9.1) @PatrickT 您可以使用本地库来执行此操作。例如install_version('ggplot2', version = 0.9.1, lib = 'path_to_library_with_ggplot_0.9.1') 和library(ggplot2, lib.loc = 'path_to_library_with_ggplot_0.9.1') 你也可以在运行 install_version 之前使用 .libPaths("/dir_for_custom_library_versions") 现在我认为remotes::install_version 更可取，因为remotes 是一个比devtools 更轻量级的包（devtools::install_version 只是remotes::install_version 的再导出）【参考方案3】：

对于自 2014 年 9 月 17 日以来发布的软件包版本，有一个 versions package 可以大大简化此任务。它使用 Revolution Analytics 的 MRAN 服务器的快照来：

显示任何 CRAN 软件包 (available.versions) 的发布日期和 MRAN 可用性，

安装一个或多个包的指定版本(install.versions)，或者

在任何指定日期 (install.dates) 可用的安装包版本。它通过标准的 install.packages 函数从 MRAN 服务器进行安装，因此可以安装可用的二进制版本，而不必从源代码编译，并且可以包含截至指定日期的包依赖项。

包版本和 R 版本的组合当然可能存在兼容性问题。要运行不同的 R 版本，请参阅例如 this page。

【讨论】：

【参考方案4】：

纯`install.packages`方法

见this thread on the r-devel mailing list。在回复 Kurt Wheeler 时，Kurt Hornik 揭示了 CRAN 网站的一个未记录的功能，用于指定包的特定版本。

只要您已经安装了所有必需的依赖项，此方法就可以工作：

package = "https://cran.r-project.org/package=svglite&version=1.2.1"
utils::install.packages(pkgs = package, repos = NULL)

注意上面的 URL 结构。这解决了 CRAN 的最新版本与存档版本的 URL 结构不同的问题：

# Latest version (not available at Archive/svglite)
https://cran.r-project.org/src/contrib/svglite_1.2.1.tar.gz
# Archived version
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/svglite/svglite_1.2.0.tar.gz

`remotes::install_version`方法

另一个选项是使用remotes::install_versionfunction。但是，您需要安装 remotes package。

【讨论】：

【参考方案5】：

找到了一个很好的解决方案，它对我有用（详细信息在link）。

“repmis”库中的命令：

# Install old versions of the e1071 and gtools packages.

# Create vectors of the package names and versions to install
# Note the names and version numbers must be in the same order
Names <- c("e1071", "gtools")
Vers <- c("1.6", "2.6.1")

# Install old package versions into the default library
InstallOldPackages(pkgs = Names, versions = Vers)

【讨论】：

【参考方案6】：

从源代码（在 R 中）安装旧版本的软件包：

packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_0.9.1.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

如果这对您不起作用并且您使用的是 Windows，则原因可能是 the lack of an appropriate tool chain for building/compiling packages。通常你会从 CRAN 安装一个预编译的二进制文件，但它们只归档包 sources，而不是二进制文件。^[1] 这意味着你需要安装 Rtools 以便你可以在本地编译所有内容。（注：Rtools is not an R package。）

@shadow 的回答below 也说明您可以使用devtools::install_version()。这也是一个好主意，但也需要在 Windows 上使用 Rtools。

截至 2015 年 9 月 18 日，a new package versions has appeared on CRAN。这依赖于Revolution Analytics MRAN 服务器来安装特定版本或日期的包：

# install yesterday's version of checkpoint, by date
install.dates('checkpoint', Sys.Date() - 1)

# install earlier versions of checkpoint and devtools
install.versions(c('checkpoint', 'devtools'), c('0.3.3', '1.6.1'))

这样做的好处是不需要 Rtools 在 Windows 上安装二进制包，但只能追溯到 2014-09-17（MRAN 启动时）。

从命令行（R 之外）安装旧版本：

您也可以在您的机器上本地拥有包源（“tarball”）后，在命令行（终端、命令提示符等）上使用R CMD INSTALL 来安装包，例如使用wget（如果你有的话）：

wget http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_0.9.1.tar.gz

或者，如果您使用的是 Windows，则使用 PowerShell 的等效项是：

(new-object System.Net.WebClient).DownloadFile("http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_0.9.1.tar.gz", "./ggplot2_0.9.1.tar.gz")

或者您可以通过网络浏览器从 CRAN 存档下载源代码。

要从本地文件安装，您可以这样做：

R CMD INSTALL ggplot2_0.9.1.tar.gz

这应该适用于任何平台（与上述相同的警告 - 关于需要用于构建包的工具链）。

^[1]_{这不再完全正确。从 2016 年 3 月起，CRAN 开始托管 a "CRAN Archive" server，其中包含适用于非常旧版本的 R（> 5 岁）的 Windows 和 Mac 二进制文件。您现在可以使用install.packages() 直接从该服务器安装。有关详细信息，请参阅新的R FAQ 7.44。}

【讨论】：

谢谢，我想这是正确的方法。太糟糕了，我现在得到：

Warning message: package ‘http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_0.9.1.tar.gz’ is not available (for R version 2.15.2)

Rcpp 也有类似的问题。这可能是由于包的 R 版本依赖性（DEPENDS: ），或者可能是正在运行的 R 会话不允许您执行更新。我发现对我有用的是按照 Mark Butler（下）建议的方式进行更新（R CMD INSTALL your_version.tar.gz）。就我而言，这是针对 R 2.15.3 的。 @Antoine 你在 Windows 上吗？如果是这样，您是否安装了 Rtools？ @Thomas 感谢您的回复。是的，我在 Windows 上安装了 Rtools “伪安装”，请参阅 thread。 @Thomas 我将尝试在 Amazon EC2 上运行我的脚本，以避免我的机器上出现明显的本地问题（库路径、R 版本与包版本、编译问题等）跨度> 【参考方案7】：

您可以从下面的链接以 zip 文件的形式下载相应版本。

http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/

在 R Studio 中：工具>>安装包>>安装自：（选择下拉）

包存档文件（.zip、.tar.gz）。

选择你新下载的包压缩文件并安装包

【讨论】：

【参考方案8】：

如另一个答案中所述使用install.packages 对我不起作用。

我发现最好的替代方法是使用包 devtools 中的函数 install_url。

另一种我没有进一步探索的可能性：

从包档案中下载旧的 .tar.gz 源文件。按照http://rtm.wustl.edu/writings/htrtargz.pdf 中记录的步骤进行本地安装。

【讨论】：