我不知道如何使用 sdf 文件

Posted 2023-05-08

【中文标题】我不知道如何使用 sdf 文件

【英文标题】：I don't know how to work with an sdf file

【发布时间】：2020-01-07 12:17:25

【问题描述】：

我得到了一个可以使用的 sdf 文件。该文件包含具有它们属性的分子，我的任务是找到它们的总数。到目前为止，我只使用过通过 pgadmin 查询的 sql 文件。我必须说，我在谷歌上搜索的成果并不多，因为我尝试了无法使用的在线转换器，或者博客帖子太旧而无法使用。

所以我的问题主要是，有人如何使用 sdf 文件？可以转换成sql转储文件以便查询吗？还有其他方法吗？

提前谢谢你！

【问题讨论】：

这有帮助吗？ ***.com/questions/1953248/…

给你这个文件的人有没有告诉你它是什么？在上面的参考中有许多方法可以打开它。如果您尝试了它但它不起作用，请解释您尝试了什么以及收到了什么错误消息。

好的，您需要确定它是 SQL CE 数据文件还是下面解释的 SDF 文件。最简单的方法是在记事本中打开。如果是乱码，则不是下面提到的文件，它可能是 SQL CE 文件。但是肯定如果不知道它到底是什么，你是不会得到这个文件的？

@VBoka 希望在化学交流会上您能够找到完美的解决方案。如果您碰巧找到了解决方案，请不要忘记在问题末尾添加超链接。对于将来访问***的人来说，这将是一个有用的交叉参考。一切顺利。

【参考方案1】：

如果您正在处理化学结构/生物信息学，那么下面很可能是可以让您开始的答案。

为了获得更好的帮助，我强烈建议您将问题发布到 Chemistry Stackexchange (https://chemistry.stackexchange.com/)。

一个 MOL 文件是一种化学结构。 例如苯甲酸及其MOL文件如下。

查看 MOL 文件 here 的解剖结构。如您所见，它是一个纯文本文件。

既然您知道了 MOL 文件，那么 SDF（结构数据文件）只不过是许多连接在一起的 mol 文件。请参阅链接here。 SDF文件也是明文文件。

我认为很难将其与 SQL 对齐，但是一旦您了解 SDF 文件的每一行的含义（并且如果您的 SDF 文件中存在一致的模式），那么您将能够解析它并将其保存在相应的 SQL 列。

您将整个文件转换为文本并保存，但我想有意义的查询会很困难。所以还是解析一下比较好。

如果您需要更多帮助，请告诉我。

【讨论】：

这是有价值的信息。 OP 已标记 SDF（SQL CE 文件），看起来这个文件不是那种文件，它可能是你提到的文件。

@Nick.McDermaid 谢谢