加载 .RData 对象时出现问题：“文件‘pathway.path.RData’有幻数‘’不推荐使用 2 之前的保存版本”

Posted 2023-05-07

【中文标题】加载 .RData 对象时出现问题：“文件‘pathway.path.RData’有幻数‘’不推荐使用 2 之前的保存版本”

【英文标题】：Problem with loading .RData objects: "file ‘pathway.path.RData’ has magic number '' Use of save versions prior to 2 is deprecated"

【发布时间】：2020-06-11 13:30:17

【问题描述】：

我正在尝试加载从 github 存储库 https://github.com/VCCRI/SPAGI/tree/master/data 下载的 .RData 文件。

在将文件保存到我的计算机后，如果我尝试加载其中一个文件

load("./data/pathwaypath.RData")

我收到错误消息：

 Warning message:
“file ‘pathwaypath.RData’ has magic number ''
  Use of save versions prior to 2 is deprecated”

Error in load("./data/pathwaypath.RData"): bad restore file magic number (file may be corrupted) -- no data loaded
Traceback:

1. load("./data/pathwaypath.RData")

它也不适用于 readRDS：

readRDS("./data/pathwaypath.RData")

抛出

Error in readRDS("./data/pathwaypath.RData"): unknown input format
Traceback:

1. readRDS("./data/pathwaypath.RData")

通过 *** 浏览，我意识到用于创建 .RData 对象的序列化协议可能存在问题。有人会知道更多吗？这个问题有什么已知的解决方案吗？

我正在运行 R 版本 4.0.0 (2020-04-24)。

【问题讨论】：

我把数据下载到桌面，用load("~/Desktop/pathway.path.RData")加载没问题

我觉得你的文件名有误

谢谢，我查过了，不是问题，我手动改了文件名。

【参考方案1】：

这是在3.6.3 版本上为我工作的方法：

temp <- tempfile()
download.file("https://github.com/VCCRI/SPAGI/blob/master/data/pathway.path.RData?raw=true",temp)
load(temp)

pathway.path[[1]][1:3]
#[[1]]
#[1] "RTN4R"  "NGFR"   "IRAK1"  "MAP3K7" "IKBKB"  "NFKB1" 
#
#[[2]]
#[1] "RTN4R"  "NGFR"   "IRAK1"  "MAP3K7" "IKBKB"  "FOXO3" 
#
#[[3]]
#[1] "RTN4R" "NGFR"  "MAPK8" "JUN"