如何将 Phylo 树保存到文件中？

Posted 2023-05-07

【中文标题】如何将 Phylo 树保存到文件中？

【英文标题】：How to save Phylo tree to file?

【发布时间】：2019-11-18 16:48:46

【问题描述】：

我正在努力将 Phylo 树保存到文件中。它显示在 Jupyter Notebook 中，但文件为空白。

我浏览了很多文档，并在 Google 上搜索了很多...如何让树打印到文件？

# Read in alignment
aln = AlignIO.read("v4.fna", "fasta")

# Calculate the distance matrix
calculator = DistanceCalculator('identity')
dm = calculator.get_distance(aln)

# Visualize neighbor joined tree
constructor = DistanceTreeConstructor()
tree = constructor.nj(dm)
fig = plt.figure(figsize=(10, 20), dpi=100)
axes = fig.add_subplot(1, 1, 1)
Phylo.draw(tree, axes=axes, label_func=get_label)
plt.show()
plt.savefig('v4.png')

【参考方案1】：

只需在 Phylo.draw 调用中为 do_show 指定 False。

Phylo.draw(tree, axes=axes, label_func=get_label, do_show=False)

我还删除了plt.show()。

【参考方案2】：

使用plt.show() 之后将无法保存。 我在文档中找不到对此的具体解释。

在你做plt.show()之前尝试做plt.savefig('v4.png')。

【讨论】：

不幸的是，这也会导致空白图。