在 python 中有效地为 NetworkX 创建边

Posted 2023-04-15

【中文标题】在 python 中有效地为 NetworkX 创建边

【英文标题】：Creating edges for NetworkX in python efficiently

【发布时间】：2017-08-23 14:08:46

【问题描述】：

我有一个 pandas 数据框，它具有一个人的唯一身份和姓氏。我想在所有姓氏相同的人之间划清界限。如何有效地做到这一点？

样本数据集：

Identity,LastName
1,Beckham
2,Singh
3,Bagari
4,Shukla
5,Sharma
6,Singh
7,Beckham
8,Beckham
9,Singh

输出： (1,7) , (1,8) , (7,8) , (2,6) , (2,9) , (6,9)

我想建立一个网络，其中身份 (1,7) , (1,8) , (7,8) , (2,6) , (2,9) , (6,9 )

我可以遍历所有身份，然后创建边，但是对于 5,000,000 条奇数记录需要很长时间？有没有更好的解决方案？

【问题讨论】：

您的预期结果是什么？列表、数据框、元组？

预期输出可以是一个元组或连接在一起的身份列表。对于上面的示例，它将类似于： (1,7) , (2,6)

你可以有两个以上姓氏相同的人吗？你想要两个人的所有组合吗？

是的，我们可以有超过 2 个姓氏相同的人，我想要两者的所有可能组合。我在想我可以创建一个字典，其中键作为姓氏，值作为身份，但是我将如何从那里创建一个元组？

您将需要构建一个更健壮的测试用例。

【参考方案1】：

让我们将groupby 与来自itertools 的combinations 一起使用：

from itertools import combinations
s = df.groupby('LastName')['Identity'].agg(lambda x: tuple(x.tolist()))
s[s.apply(len)>1].apply(lambda x: list(combinations(x, 2))).sum()

输出：

[(1, 7), (1, 8), (7, 8), (2, 6), (2, 9), (6, 9)]

更新：

from itertools import combinations, chain
list(chain(*df.groupby('LastName')['Identity'].agg(tuple).apply(combinations, r=2)))

输出：

[(1, 7), (1, 8), (7, 8), (2, 6), (2, 9), (6, 9)]

【讨论】：

嗨 Scott，感谢您的回复，此代码生成与 last name 关联的所有身份的列表，因此我得到如下输出：Beckham (1,7,14,15,17, 21) 。我想要所有可能的组合：像 (1,7) (1,14) (1,15)(1,17) (1,21) (7,14) (7,15) (7,17) (7, 21) 等等....

嗨 Scott，这需要花费大量时间来为 5,000,000 条记录创建元组，我有什么办法可以在 python 中并行运行它（可能是使用 pyspark）？或者我可以更快地生成组合的其他方式？

让我们得到一些 numpy 的帮助。将 numpy 添加到问题中的标签中。或者使用 numpy 标签创建一个新问题。