使用 ij 和 loci 类使 ImageJ/Fiji Jython 脚本在 bash 脚本中工作

Posted 2023-04-14

【中文标题】使用 ij 和 loci 类使 ImageJ/Fiji Jython 脚本在 bash 脚本中工作

【英文标题】：Make ImageJ/ Fiji Jython script with ij and loci classes work from bash script

【发布时间】：2021-07-28 17:09:08

【问题描述】：

到目前为止，我在斐济的脚本编辑器中执行了我的 jython 插件。 我想在命令行中执行我的 jython 脚本。

在该行执行jython myscript.py时

from ij import IJ

我得到错误：

ImportError: 没有名为 ij 的模块

我猜这意味着找不到ij的jar文件，因为它通常是由ImageJ编辑器找到的。

所以我设置了java类路径：

java -cp “/home/user/input_bash/jars/ij.jar” ij

然后我得到错误：

找不到主类。 （费勒：Hauptklasse ij konnte nicht gefunden 奥德格拉登维尔登） 原因：java.lang.ClassNotFoundException: ij

我是 java 新手，这是否意味着我没有使用正确的 jar？

我也用编辑器来执行：

from ij import IJ;

print(IJ.getClassLoader().loadClass("ij.IJ")
    .getResource("IJ.class").toString());

这给了我目录：/home/user/Software/Fiji.app/jars/ij-1.53c.jar!/ij/IJ.class

这意味着编辑器使用了 ij-1.53​​c.jar 中的类！ 然后我尝试了： java -cp "/home/lisa/Software/Fiji.app/jars/ij-1.53c.jar\!/ij" ij

由于! 而增加了\。

我仍然得到相同的classNotFoundException。

【参考方案1】：

当我在命令行运行 jython 脚本时，我会像这样使用 jython.jar：

java -jar jython.jar somescript.py

如果您在 jython 模块或 jar 中有外部依赖项，您可以将它们添加到类路径中以便它们被拾取。您可能还需要将 jython 模块的路径添加到 sys.path：

import sys
sys.path.append("<path to modules>")