按 R 中的列值过滤列表中的每个数据框

Posted 2023-04-13

【中文标题】按 R 中的列值过滤列表中的每个数据框

【英文标题】：Filter each dataframe in a list by a column value in R

【发布时间】：2020-01-30 10:32:03

【问题描述】：

我有一个包含 18 个数据框的列表，它们看起来都类似于：

 Gene ID    HMMER   Hotpep  DIAMOND #ofTools
actino_5_2__00070   GT20(2-473) GT20(5) GT20    3
actino_5_2__00270   CE1(65-331) -   -   1
actino_5_2__00610   GT4(224-382)    GT4(7)  GT4 3
actino_5_2__00950   GH3(26-242) GH3(2)  GH3 3
actino_5_2__01300   GH23(67-175)    -   -   1
actino_5_2__01490   GT4(381-524)    GT4(82) GT4 3
actino_5_2__01990   CE1(114-349)    -   -   1

我想过滤列表中的每个数据框，但最后一列的值 >= 2。所以这个filt_comb_data = comb_data[comb_data$X >= 2,] 几乎是一个列表。我首先使用 lapply 和以下内容：

filt_datalist = lapply(datalist, function(x)
  x[x[5],] >= 2
)

但我收到此错误：

Error in `[.default`(xj, i) : invalid subscript type 'list' 

如有任何帮助，将不胜感激。

【参考方案1】：

filt_datalist = lapply(datalist, function(x)
    x[x[, 5] >= 2,]
)

应该是这样的。您获取数据框 (x) 并过滤第 5 列 (x[, 5]) 为 >= 2 的所有内容。

【讨论】：

顺便说一句：我会尽量避免x[, 5] - 如果您知道列名x$columnName 更好，因为感兴趣的列也可能在另一个位置。