引用 rmd 文件中的引用和 pandoc-citeproc.exe 中的错误

Posted 2023-03-31

【中文标题】引用 rmd 文件中的引用和 pandoc-citeproc.exe 中的错误

【英文标题】：citing references in a rmd file & error in pandoc-citeproc.exe

【发布时间】：2017-11-15 03:38:32

【问题描述】：

这是我第一次想在我的 rmd 文件中使用引用，但我不知道该怎么做。我将 rmd 文件转换为 pdf 文档，但在生成参考和参考书目时遇到问题。编织时出现此错误：

pandoc-citeproc.exe: 找不到 bibliography.bib pandoc.exe: 错误 运行过滤器 pandoc-citeproc 过滤器返回错误状态 1 错误： pandoc 文档转换失败，错误 83

这是我的 yaml 上下文：

>     title: "Context"
>     author: "Minoo"
>     date: "2017/06/06"
>     output: 
>       pdf_document:
>         toc: true
>         toc_depth: 3
>     bibliography: bibliography.bib
>     vignette: >
>       %\VignetteIndexEntryContext
>       %\VignetteEngineknitr::rmarkdown
>       %\VignetteEncodingUTF-8

我已经在我的 rmd 文件的最后部分列出了这样的引用：

@article@Csardi2006, Csardi G, Nepusz T: The igraph software package for complex network research, InterJournal, Complex Systems 1695. 2006. http://igraph.org
@article@Butts2015, Butts C (2015). network: Classes for Relational Data. The Statnet Project (http://statnet.org). R package version 1.13.0, http://CRAN.R-project.org/package=network.
@article@Butts2008, Butts C (2008). “network: a Package for Managing Relational Data in R.” Journal of Statistical Software, 24(2). http://www.jstatsoft.org/v24/i02/paper.

我要么在我的上下文中引用它们为 [@Csardi2006]。 有什么想法可以解决这个问题吗？ 更具体地说，如何在 rmd 文件中引用？

【参考方案1】：

也许您需要将 bibliography.bib 文件放入您的工作目录或将您的参考书目列出到头部，例如参考书目：

在编辑器中或使用JabRef 之类的程序手动编写 bibliography.bib 文件。还有一些方法可以自动生成，例如Zotero:

% Encoding: UTF-8
    @articlecsardi2006,
      author  = G, Csardi and T, Nepusz,
      title   = The igraph software package for complex network research,
      journal = InterJournal, Complex Systems,
      year    = 2006,
      url     = http://igraph.org,
    
    @article...
    @article...

将其作为“bibliography.bib”保存到您的工作目录中。

带有参考书目的 YAML 元数据：

---
title: "Context"
author: "Minoo"
date: "June 13, 2017"
output:
  pdf_document: default
  html_document: default
bibliography: bibliography.bib
---

或包含引用的 YAML 元数据，例如快速论文：

---
title: "Context"
author: "Minoo"
date: "June 13, 2017"
output:
  pdf_document: default
  html_document: default
references:
- id: csardi2006
  author:
  - family: Csardi
    given: G.
  - family: Nepusz
    given: T.
  publisher: InterJournal, Complex Systems
  title: The igraph software package for complex network research
  type: article-journal
  issued:
    year: 2006
---

RMD 的文本部分：

```r setup, include=FALSE
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## Text

Lorem ipsum dolor sit amet [@csardi2006], consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam

## Biblio

【讨论】：

感谢您的回复，但是bibliography.bib文件的格式应该怎么写，怎么写呢？是否应该写在脚本中

@minoo 我已经扩展了我的答案。我认为您的引用可能采用不同的格式，您可以在编辑器中进行比较。

我正在尝试按照您的指示进行操作，还有一个问题是：您已经在 yaml 中编写了参考文献之一，对于更多参考文献，我是否也写了 min the yaml？如果是怎么办？

在参考书目方法中，您只需指向放置所有引用的 YAML 中的 *.bib 文件（我现在已经在上面更正了......）。

感谢您的完整回答。我可以生成参考。