为特定 Linux 风格预编译 R 包

Posted 2023-03-29

【中文标题】为特定 Linux 风格预编译 R 包

【英文标题】：Precompile R packages for specific Linux flavor

【发布时间】：2019-05-07 22:06:34

【问题描述】：

我们已经为 R 包建立了一个简单的类似 CRAN 的本地存储库。用户很多，都使用同一个版本的Linux。

有没有办法说服 R 提供预编译的 Linux 包而不是只提供源包？对于使用我们存储库的任何人来说，编译步骤都需要相当长的时间。应该可以预编译和重用相同的二进制文件，因为我们可以保证 Linux 版本对所有用户都是一致的。

一个人怎么能一起破解这样的东西？

【问题讨论】：

您可能对 cran2deb 和 cran2deb4ubuntu 作为示例感兴趣，尽管它可能对您没有特别的帮助，因为您可能不是在谈论基于 Debian 的发行版。你们都在运行什么发行版？

（也就是说，“有没有办法说服 R 提供预编译的 Linux 包而不是源包？”的答案是“可能不是”，但“应该是可以预编译和重用相同的二进制文件”是“是”，而“如何将这样的东西一起破解？”的答案会因您的发行版而异）

@duckmayr CentOS 6 目前正在迁移到 CentOS 7。用户没有管理员权限并安装到他们自己的本地存储库中，所以我认为 Linux 软件包不是一个好的解决方案。如果可能的话，我想依赖 R 的内置机制，所以安装我们的包就像从 CRAN 安装一样。

【参考方案1】：

在“所有这些都使用相同版本的 Linux”的非常狭义的意义上，您实际上有一个选择（恰好相对鲜为人知）。使用 例如

创建二进制包

 R CMD INSTALL --build nameOfDirectoryWithSources

正如R CMD INSTALL --help 所说的那样

--build           build binaries of the installed package(s)

这些不是 .deb 或 .rpm 类似的包：没有添加依赖信息或类似的信息。但他们完全按照您的要求做：节省编译时间。

我不知道可以构建一个存储库结构。

【讨论】：

这给了我一个想法——我可以编译包并将其转换为“源包”，“不需要编译”。然后所有的二进制部分都只是“有效负载”......我希望在 repo 中有一个单独的目录，以将预编译的源代码与真正的源代码分开，但此时我愿意破解，

我怀疑你没有尝试过我的建议:)。请这样做，它与您所描述的差不多。

我已经尝试了你的建议。它为我创建了一个 __R_x86_64-pc-linux-gnu.tar.gz .... 这很棒。我挣扎的部分是 - 我如何将它上传到我们的存储库中，以便它被索引并正常工作，明白我的意思吗？

这就是我上面写的：不支持 repo :-/ 因为没有元数据。但它会非常快速地在与您的系统“运行时相同”的系统上安装（版本化）包。也许最好把它想象成一个缓存......

我接受这个答案，因为它可以满足我的需要。将尝试为此用例提交 R 功能请求 - 应该不会太难！