在 NFS 文件系统上使用 matplotlib 保存图形

Posted 2023-02-16

【中文标题】在 NFS 文件系统上使用 matplotlib 保存图形

【英文标题】：Saving figures with matplotlib on NFS filesystem

【发布时间】：2015-09-08 16:46:55

【问题描述】：

我在 RHEL 6.7 上通过 Anaconda 使用 ipython notebook。机器设置有 NFS 存储；也就是说，df -P -T /home/USERNAME | tail -n +2 | awk 'print $2' 打印“nfs”。

所以我想保存在 ipython 笔记本中创建的 matplotlib 图形。但是，调用 savefig 函数会给我这个错误（我已经抑制了大部分）：

RuntimeError: dvipng was not able to process the following file:
/home/USERNAME/.cache/matplotlib/tex.cache/3007d273a0b2642aa3abce6d3d640283.dvi
Here is the full report generated by dvipng: 

No dvipng error report available.

我怀疑这与 NFS 有关（因为它过去曾给我带来过其他问题），但除此之外我真的不知道从哪里开始。非常感谢任何帮助，如果我可以提供更多信息，请告诉我。

【问题讨论】：

再看这个问题，马聪认为NFS是无辜的可能是对的。我正在使用 LateX 渲染保存数字，而这台机器上的 LateX 安装似乎已损坏。我看看能不能解决这个问题。

确认是 LateX 渲染的问题。确保你的包是最新的！

【参考方案1】：

在最新的 OpenSuse Leap VM 中也会出现同样的问题，该 VM 也具有最新的 Anaconda 堆栈。令我沮丧的是，它不是确定性的：批量生成图在非常不同的数据集上失败。它有助于插入一个

time.sleep(5)

现在问题发生的频率要低得多。不过还是个 PITA。

【参考方案2】：

严格来说，这可能不是 NFS 的问题。

看它的source in this line和this line（注意这里有一个错误：应该说"dvips failed"，而不是"dvipng"），貌似带有dvipng或者dvips的外部命令失败了.

所以有很多可能性。首先，您需要弄清楚system()ed 是哪个外部程序。然后，也许您需要检查是否可以在PATH 环境变量中找到此命令，或者文件本身是否使该命令崩溃。尝试在该文件上手动运行dvip(ng|s)，看看是否可以获得错误报告。

顺便说一句，从链接源中，如果我正确阅读了源 (IIRTSC)，我认为 matplotlib 库通过捕获 stdout 的 dvip(ng|s) 来捕获错误报告是不正确的命令。我们知道os.system() 是邪恶的......

【参考方案3】：

如果没有适当维护的 LateX 包，matplotlib（至少通过 Jupyter 笔记本运行）显然无法保存 LateX 格式的绘图，即使它们显示正确。