在 Windows 上的 rStudio 上将 r markdown 编织为 pdf 时出现错误 43

Posted 2023-03-24

【中文标题】在 Windows 上的 rStudio 上将 r markdown 编织为 pdf 时出现错误 43

【英文标题】：Error 43 while knitting a r markdown to pdf on rStudio on Windows

【发布时间】：2016-03-08 01:53:48

【问题描述】：

我正在同事的 Windows 上运行 rStudio 项目（我在 mac 上工作，所以我不在我的水域）。

当我尝试将 .rmd 文件编译为 pdf 时，我收到此错误：

"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS Plot_per_DPUO.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output "Grafici Professioni/Periodo apr-14 ott-15 test/DH ALLERGOLOGIA - SAN PAOLO.pdf" --template "C:\Users\lucilla.rava\Documents\R\win-library\3.1\rmarkdown\rmd\latex\default.tex" --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable "geometry:margin=1in" 
pandoc.exe: Could not find image `Grafici%20Professioni\Periodo%20apr-14%20ott-15%20test\DH%20ALLERGOLOGIA%20-%20SAN%20PAOLO_files/figure-latex/set-options-1.pdf', skipping...
pandoc.exe: Error producing PDF from TeX source.
! I can't find file `C:/Users/LUCILL'.
<to be read again> 
                   \protect 
<*> C:/Users/LUCILL~
                    1.RAV/AppData/Local/Temp/tex2pdf.3172/input.tex
Please type another input file name
! Emergency stop.
<to be read again> 
                   \protect 
<*> C:/Users/LUCILL~
                    1.RAV/AppData/Local/Temp/tex2pdf.3172/input.tex
!  ==> Fatal error occurred, no output PDF file produced!
Transcript written on C:/Users/LUCILL~1.RAV/AppData/Local/Temp/tex2pdf.3172/tex
put.log.

 Show Traceback

 Rerun with Debug
 Error: pandoc document conversion failed with error 43 

我留下了完整的路径，因为我注意到用户路径中有一些奇怪的东西。 日志打印出这个 sn-p：

`C:/Users/LUCILL'.
    <to be read again> 
                       \protect 
    <*> C:/Users/LUCILL~
                        1.RAV

用户名与应有的不同（lucilla.rava）。

在 mac 上编译不会出错，所以问题不应该出在代码中。

注意：我在我的 Mac 上通过 google drive 共享的文件夹中创建了该项目。

更新 1：感谢@Gnusper，我们注意到存在路径分隔符错误。 Unix 和 Windows 路径是混合的。我需要一种方法来消除混音。

在我的代码中，我使用以下代码定义了路径：

    months.vec <- get.months(unique(Data$Periodo))
    months.vec <- format(months.vec, '%b-%y')

    if (type == 1) folder.name <- 'Grafici Generali'
    else if (type == 2) folder.name <- 'Grafici Professioni'
    else if (type == 3) folder.name <- 'Grafici Indicazioni'

    folder.path <- file.path(folder.name, sprintf('Periodo %s %s%s', months.vec[1], tail(months.vec, 1), test))

    dir.create(folder.path, recursive = T, showWarnings = F)

    for (UO in unique(Data$UO)[1:5]) 
        print(file.path(folder.path, sprintf('%s.pdf', sub(pattern = "/", replacement = ' ', UO, fixed = T))))
        render('Plot per DPUO.Rmd', clean = T, output_file = file.path(folder.path, sprintf('%s.pdf', sub(pattern = "/", replacement = ' ', UO, fixed = T))))
    

我在 windows 机器上用一个全新的 R 项目做了一些测试，结果如下：

> file.path('affs', '0sdfsdf')
[1] "affs/0sdfsdf"
> .Platform$file.sep
[1] "/"
> 

路径分隔符仍然是类 Unix。阅读 file.path 的帮助我发现了这个：

file.path(..., fsep = .Platform$file.sep)

[...]

注意

默认情况下，组件在 Windows 上由 /（不是 ）分隔。

由于某种原因，该函数也在 Windows 上实现了 Unix 分隔符... 然后我尝试运行.Platform$file.sep

在新项目中我做了更多的测试：

dir.create(file.path('ssdg','fgsfdg'), recursive = T, showWarnings = F)
write(c(1,2,3,4,5), file = 'ssdg/fgsfdg/test.txt')
write(c(1,2,3,4,5), file = 'ssdg\\fgsfdg\\test2.txt')
write(c(1,2,3,4,5), file = 'ssdg/fgsfdg\\test3.txt')

所有这些都工作并创建文件。我还尝试了 dir.create() 与各种分隔符组合，它们都有效。似乎 R 明白在管理文件和更正分隔符时该怎么做。

但是由于.rmd文件的编译是pandoc通过shell命令执行的，所以分隔符的混合不固定，会出现错误。

我觉得非常奇怪的是，在错误日志中，pandoc 是使用 Unix 路径调用的

C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc

pandoc 如何能够运行并引发错误？？

总结一下，我需要我的代码在两个平台上运行。

更新 2：我尝试从代码中的每个路径中删除空格。此外，我尝试将脚本和 rmd 文件移动到本地文件夹中的新项目，以检查在 GoogleDrive 上共享项目引入的问题。 没有任何改进。

更新 3：我将问题作为问题发布在 https://github.com/rstudio/rmarkdown 上。我实施了在那里给出的建议（首先在与项目相同的文件夹中创建输出，然后将其移动到实际的目标文件夹），但没有运气。但是我现在很确定问题在于临时文件的创建和检索。

如果我在 Windows 上运行 tempdir()，它会返回：

tempdir()
[1] "C:\\Users\\LUCILL~1.RAV\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpUrsOgH"

在错误日志中也报告了奇怪的缩短用户名。

如果我跑：

normalizePath(tempdir())
[1] "C:\\Users\\lucilla.rava\\AppData\\Loc

我得到了正确的路径。

更新 4： 如果有用：我每次打开R项目时都需要设置pdftext的路径。

在 .Rprofile 文件中我声明：

Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "C:\\Program Files\\MiKTeX 2.9\\miktex\\bin\\x64", sep = .Platform$path.sep))

更新 5： 看起来很奇怪，我们搬到了一台新的 Windows 电脑上，这次编织工作了。不知道为什么...不过如果有人仍然知道为什么会很感激，因为另一台计算机是我同事的主要工作站。

【问题讨论】：

如前所述，问题还没有解决。我将问题作为问题发布在 markdown 的 github 上。看看他们能不能找到解决办法。 github.com/rstudio/rmarkdown/issues/574

【参考方案1】：

典型的 Windows 问题。您的路径中有“\”，您需要将其替换为“/”

"Grafici Professioni/Periodo apr-14 ott-15 test/DH ALLERGOLOGIA - SAN PAOLO.pdf" --template "C:\Users\lucilla.rava\Documents\R\win-library\3.1\rmarkdown\rmd\latex\default.tex

到

"Grafici Professioni/Periodo apr-14 ott-15 test/DH ALLERGOLOGIA - SAN PAOLO.pdf" --template "C:/Users/lucilla.rava/Documents/R/win-library/3.1/rmarkdown/rmd/latex/default.tex

【讨论】：

我想是的。但是这些命令是由 R markdown 包生成的，而不是我！它应该自动执行此操作吗？

顺便说一句，我需要它在 Windows 上工作，所以我应该做相反的事情，即 "C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" -> "C:\Program Files \RStudio\bin\pandoc\pandoc”。是不是输入错误的命令

是的，如果这能自动工作就好了，也许因为项目最初是在 Mac 上完成的，所以它不能工作？如果可行，请将我的回答表示为“正确”，以便其他人看到您的问题得到回答并且答案有效:)

非常感谢您关于路径分隔符的建议，但很抱歉在问题解决之前无法将问题设置为已回答，也就是说我能够使项目在两个操作系统上运行。我无法更改这些路径，因为它们是由其他函数生成的，而不是我的。

【参考方案2】：

这决定了您的操作系统并在 Windows 上以一种方式加载它，在其他任何地方以另一种方式加载它

if (Sys.info()['sysname'] == Windows) 
          "Grafici Professioni/Periodo apr-14 ott-15 test/DH ALLERGOLOGIA - SAN PAOLO.pdf" --template "C:/Users/lucilla.rava/Documents/R/win-library/3.1/rmarkdown/rmd/latex/default.tex"
           else if (Sys.info()['sysname'] == Darwin)
           #Mac filepath
           else 
           #Linux filepath
          

@gnusper 应该因发现斜线问题而受到赞扬

【讨论】：

我不确定斜线是否是问题所在。在互联网上阅读我发现 Windows 读取了两条路径。无论如何，在你的情况和@gnusper 的情况下，你的建议都不能付诸实施，因为我再次无法控制 pandoc 调用！！！内部由markdown框架管理！

正如我在更新中所写的，我已经测试过我的路径不是问题。将输出文件的创建分为 2 个步骤（生成文件和重命名并移动到目标文件夹）已确定问题出在第一步，其中未使用我定义的路径。在直接在 windows 中生成的全新项目中重现问题，也没有解决问题。