Rstudio 中的源 .bashrc

Posted 2023-03-24

【中文标题】Rstudio 中的源 .bashrc

【英文标题】：Source .bashrc in Rstudio

【发布时间】：2018-10-10 21:25:52

【问题描述】：

我刚刚在 Ubuntu 18.04 LTS 本地安装了一些 Perl 模块。

当像这样使用 RStudio 服务器调用它们时

system("perl -MBio::TreeIO -e 1")

我收到以下错误

在@INC 中找不到 Bio/TreeIO.pm（您可能需要安装 Bio::TreeIO 模块）（@INC 包含：/etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/ perl/5.26.1 /usr/local/share/perl/5.26.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.26 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/ 5.26 /usr/share/perl/5.26 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base)

当我在终端中source ~/.bashrc 时一切正常。

我尝试创建一个~/.Rprofile，其中包含：

system(". ~/.bashrc")

但不好。

【问题讨论】：

听起来您用来安装模块的 perl 与 RStudio 用来运行命令的 perl 不同。 .bashrc 中有什么东西会改变PATH 的内容吗？

是的！ .bashrc 包含 `PATH="/home/acjfernandes/perl5/bin$PATH:+:$PATH";导出路径； PERL5LIB="/home/acjfernandes/perl5/lib/perl5$PERL5LIB:+:$PERL5LIB";导出 PERL5LIB； PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/home/acjfernandes/perl5$PERL_LOCAL_LIB_ROOT:+:$PERL_LOCAL_LIB_ROOT";导出 PERL_LOCAL_LIB_ROOT； PERL_MB_OPT="--install_base \"/home/acjfernandes/perl5\"";导出 PERL_MB_OPT； PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/home/acjfernandes/perl5";导出 PERL_MM_OPT;

好的，那么你需要说服RStudio使用相同的perl，或者你需要在RStudio使用的那个中安装你需要的模块。

怎么样？通过在系统范围内安装而不是在本地安装？

我对 R 或您的系统是如何设置的一无所知。如果你安装了你需要的模块没有首先运行.bashrc，那么你应该使用与RStudio相同的perl。这将是一个好的开始。

【参考方案1】：

根据在 R shell 中运行help(Startup) 访问的文档，您应该在主目录中创建一个文件.Renviron，该文件将在启动新的 R 会话时读取。例如：

.Renviron

FOOBAR=/foo/bar/foo/bar

R 外壳

R
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...

> cat(Sys.getenv("FOOBAR"), "\n")
/foo/bar/foo/bar 

因此，只需创建您的 .Renviron 文件，并将 PERL5LIB 变量设置为您的本地 perl 包安装目录。