更新到 R 版本 3.4.2 后 pandoc 文档转换失败，错误 1

Posted 2023-03-24

【中文标题】更新到 R 版本 3.4.2 后 pandoc 文档转换失败，错误 1

【英文标题】：pandoc document conversion failed with error 1 after update to R version 3.4.2

【发布时间】：2018-04-29 14:54:52

【问题描述】：

更新到 R 版本 3.4.2 后，我的带有闪亮的 flexdashboard 文档不再工作。

即使我尝试运行该示例的副本 https://jjallaire.shinyapps.io/shiny-biclust/ 我明白了

'错误：pandoc 文档转换失败，错误 1'

。

到目前为止，我在网络搜索过程中没有找到该错误的答案。 我还更新了所有包。

我的会话信息：

R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=German_Austria.1252  LC_CTYPE=German_Austria.1252    LC_MONETARY=German_Austria.1252
[4] LC_NUMERIC=C                    LC_TIME=German_Austria.1252    

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] biclust_1.2.0    lattice_0.20-35  colorspace_1.3-2 MASS_7.3-47     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] flexclust_1.3-4   Rcpp_0.12.13      digest_0.6.12     rprojroot_1.2     jsonlite_1.5      backports_1.1.1  
 [7] stats4_3.4.2      magrittr_1.5      evaluate_0.10.1   stringi_1.1.5     rpart_4.1-11      rmarkdown_1.7    
[13] flexdashboard_0.5 tools_3.4.2       stringr_1.2.0     parallel_3.4.2    yaml_2.1.14       compiler_3.4.2   
[19] htmltools_0.3.6   knitr_1.17        modeltools_0.2-21

有没有人想我可以尝试解决这个问题？

编辑：

也许这个信息可以帮助找到错误的原因： 当尝试复制“Diamond Explorer”示例https://jjallaire.shinyapps.io/shiny-ggplot2-diamonds/ 时，结果是：

screenshot of my Diamond Explorer copy - result

我可以在 RStudio 中看到错误消息：

Output created:  
C:/Users/xxx/AppData/Local/Temp/RtmpMdOsLH/file1ce033bb6c82.html
Warnung: Error in sample.int: Objekt 'input' nicht gefunden
Stack trace (innermost first):
120: sample.int
119: sample
118: lapply
117: map
116: [.tbl_df
115: [ [<text>#2]
114: <reactive:dataset> [<text>#2]
103: dataset
102: ggplot [<text>#6]
101: renderPlot [<text>#6]
 91: <reactive:plotObj>
 80: plotObj
 79: origRenderFunc
 78: output$outcca1a5b38b4e8b1a
  3: <Anonymous>
  2: do.call
  1: rmarkdown::run

【问题讨论】：

感谢您改进我的问题布局

你尝试更新你的 pandoc 了吗？

我刚刚将 pandoc 安装到 2.0.2 版。 - 但错误还是一样。

也许这就是错误的原因：运行上面的示例时，我可以在 RStudio RMarkdown-Tab 中看到：pandoc.exe: C:\Users\xxxx\AppData\Local\Temp\RtmpILZYrg \rmarkdown-stre24630e29de.html: openBinaryFile: 不存在（没有这样的文件或目录）。

试试这个Sys.getenv('RSTUDIO_PANDOC')

【参考方案1】：

最后我找到了解决问题的方法： 读完之后https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/1184 并从 github 安装一个实际的 rmarkdown 包：devtools::install_github('rstudio/rmarkdown') 我的 flexdashboard 文档又闪亮了 :-)

【讨论】：

遇到了同样的问题，这也解决了我的问题。谢谢！