防止标签在 hclust/树状图中剪裁

Posted 2023-03-23

【中文标题】防止标签在 hclust/树状图中剪裁

【英文标题】：Prevent labels from clipping in hclust/dendrogram plot

【发布时间】：2017-09-22 23:29:10

【问题描述】：

我正在制作树状图来比较州之间鸟类的歌曲相似性。但是，当我生成绘图时，我无法弄清楚如何防止状态名称被剪裁（click for example）。有什么想法吗？

代码：

var.towhee <- read.csv(file="states.csv", header=TRUE, fill=TRUE)
rownames(var.towhee) <-var.towhee$State # Set row names to state name
var.towhee <- var.towhee[,-1] # Remove state column 

library(vegan)
library(permute)
library(lattice)

norm <- decostand(var.towhee, method="normalize") # Normalize data
dis <- vegdist(norm, method="euclidian") # Calculate distances
UPGMA <- hclust(dis, method="average") # Cluster using UPGMA method
UPGMA <- as.dendrogram(UPGMA) # Convert hclust objects into dendrogram objects

plot(UPGMA, horiz=TRUE, xlab="Song Distance")

作为参考，这是我的数据的格式：

            Variable 1    Variable 2    Variable 3
State 1     123           123           123
State 2     123           123           123
State 3     123           123           123

请注意，我已将行名称设置为状态而不是数字。这就是情节从中获取标签的地方。

【参考方案1】：

设置mar参数即可解决问题。 下面是一个带有剪裁标签的树状图示例：

hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
hc <- as.dendrogram(hc)
par(mar=c(3,4,1,1))
plot(hc, horiz=TRUE)

这里是带有完整标签的图：

par(mar=c(3,4,1,6))
plot(hc, horiz=TRUE)

【讨论】：

如此简单！这非常有效。感谢您的帮助。