为啥 terra 包在使用提取功能时会删除这些值？

Posted 2023-03-23

【中文标题】为啥 terra 包在使用提取功能时会删除这些值？

【英文标题】：Why is terra package dropping these values when using extract function?为什么 terra 包在使用提取功能时会删除这些值？

【发布时间】：2021-07-30 19:01:03

【问题描述】：

我使用 terra 包从光栅文件中提取农药应用。在提取步骤中，似乎 terra 删除了一些行。在此示例中，有 19 个警告：

无法计算最小值/最大值，在采样中找不到有效像素。 （GDAL 错误 1）

在提取步骤之后，我剩下的行数减少了，而且似乎删除了一些行。

这一步使用光栅（从这里Using raster to calculate the mean application and total application of pesticides, but numbers not adding up）运行良好，但不幸的是，考虑到我需要处理的文件数量，它会减慢速度。

您知道这个错误是什么意思以及如何解决吗？

代码如下：

## Terra ----

data(wrld_simpl)

## Need to create a SparVector for terra
wrld_simpl = vect(wrld_simpl)

r <- terra::rast("https://raw.github.com/hansronald/Pesticide-data/master/APR_Soybean_Glyphosate_2015_L.tif")

## Remove 
r <- terra::clamp(r, lower=0, values=FALSE)

# area is in ha (values in raster are kg / ha per year)
a <- terra::area(r, sum=FALSE, mask=TRUE) * 0.0001

## Get the total area that pesticide has been applied to
tot_area <- terra::extract(a, wrld_simpl, fun = sum, na.rm = TRUE)

## Calculate total application in each cell
rtot  <- r * a

## Calculate total application in each country
tot_app  <- terra::extract(rtot, wrld_simpl, fun = sum, na.rm = TRUE)

## Mean application rate in each country
mean_app <- terra::extract(r, wrld_simpl, fun = mean, na.rm = TRUE)

## Save data to corresponding country
world_data = data.frame(wrld_simpl$NAME, wrld_simpl$ISO3)
world_data = data.frame(world_data, mean_app, tot_app, tot_area)

【参考方案1】：

发生这种情况是因为某些多边形太小以至于它们无法覆盖栅格单元。这已在development version (terra >= 1.2.8) 中得到修复；但这是exactrextractr 包的另一种方法 --- 这速度很快，并且可以为您提供非常精确的估计，当您的栅格像元相对较大时尤其相关（尽管wrld_simpl 相当不精确） .

library(raster)
library(sf)
library(exactextractr)
ra <- raster(a)
wsf = st_as_sf(wrld_simpl)
e <- exact_extract(ra, wsf, "sum")

【讨论】：

这非常快，谢谢。你知道在exact_exctract 中是否有na.rm = TRUE 的替代方案？你能推荐一张更精确的世界地图吗？ （不必非常精确）