如何使用 GEOquery 包提取示例标题（名称）？

Posted 2023-03-23

【中文标题】如何使用 GEOquery 包提取示例标题（名称）？

【英文标题】：How to extract sample titles (names) using GEOquery package?

【发布时间】：2012-12-25 10:10:54

【问题描述】：

GEOquery 是一个很棒的 R 包，用于检索和分析存储在NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) database 中的基因表达数据。我使用了 GEO 数据库的GEO2R 服务提供的以下代码（生成初始 R 脚本以自动分析您所需的数据）来提取一些 GEO 系列实验：

gset <- getGEO("GSE10246", GSEMatrix =TRUE)
if (length(gset) > 1) idx <- grep("GPL1261", attr(gset, "names")) else idx <- 1
    gset <- gset[[idx]]
gset # displays a summary of the data stored in this variable

问题是我无法从中检索示例标题。我发现了一些函数Columns()，它适用于 GDS 数据集并返回样本名称，但不适用于 GSE。

请注意，我对样本登录 ID 不感兴趣（即 GSM258609 GSM258610 等），我想要的是样本人类可读的标题。

有什么想法吗？谢谢

【参考方案1】：

之后

gset <- getGEO("GSE10246", GSEMatrix =TRUE)

gset是一个简单的列表，它的第一个元素是ExpressionSet，样本信息在phenoData或pData中，所以也许你正在寻找

pData(gset[[1]])

请参阅?ExpressionSet 了解更多信息。

【讨论】：

哇！我不希望在这里回答这样的问题。那真的很酷。感谢您的精彩回答。