R list.files(my_working_directory) 没有显示文件，但我知道它们在那里。怎么修？

Posted 2023-03-17

【中文标题】R list.files(my_working_directory) 没有显示文件，但我知道它们在那里。怎么修？

【英文标题】：R list.files(my_working_directory) shows no files but I know they are there. How to fix?

【发布时间】：2013-08-06 14:48:28

【问题描述】：

我正在尝试使用外部硬盘驱动器中的目录作为工作目录来使用 R。我可以将工作目录设置到我想要的位置，但是当我使用list.files R 时什么都看不到。我也不能使用read.delim 来加载文件。

例如：

> rm(list = ls())
> WD<-"../../../Volumes/My_HD/my_working_directory" 
> setwd(WD) 
> getwd()
[1] "/Volumes/My_HD/my_working_directory"

到目前为止一切都很好，但是：

> list.files(WD)
character(0)

虽然我希望有一份我知道的文件列表，但我可以使用 Finder 和终端查看和打开这些文件。实际上，R 脚本本身就在该目录中。

如果我尝试打开一个文件，我会得到这样的结果：

> myfile <- read.delim(paste(WD,"/file_name", sep = ""), header = T)
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
cannot open file '../../../Volumes/My_HD/my_working_directory/file_name': No such file or directory

我以为我在指定目录路径时做错了，但我尝试从 RStudio 指向并单击（会话>设置工作目录和>到源文件位置或>选择目录...）并得到相同的结果结果不开心。

我在 MacBookPro (OS X 10.7.05) 上使用 R 版本 2.15.1。我从 RStudio 版本 0.97.551 运行 R，但问题与 RStudio 无关，因为当我直接在 R 上尝试时也会发生这种情况。

任何帮助将不胜感激。谢谢。

【问题讨论】：

设置工作目录后list.files(getwd()) 会返回什么？由于我不明白的原因，我发现 R 对相对路径有点敏感。

很简单，你的文件夹路径不对。

@Peter list.files(getwd()) 为我提供了所需的文件列表，但仅list.files 就一直失败。确实很奇怪。我想我将更改我的代码以用 getwd() 替换我的 WD 目录对象。谢谢。只是出于好奇，@RomanLuštrik 我的路出了什么问题？如果我尝试从 RStudio 指向并单击，我会得到相同的结果和

因为WD 是一个相对 路径，所以list.files(WD) 只会在您执行setwd(WD) 之前起作用。在您执行setwd(WD) 之后，所有这些都应该工作：list.files() 或list.files('.') 或list.files(getwd())。如果WD 是绝对 路径（"/Volumes/My_HD/my_working_directory"），list.files(WD) 将适用于您当前的目录。

如何解决？ 你可以 1) 在任何地方使用绝对路径，即设置 WD <- "/Volumes/My_HD/my_working_directory" 或 2) 保持 WD 原样，但在你之后 @987654341 @，使用本地目录'.'代替WD。

【参考方案1】：

由于我认为您希望在您的路径中保持一些相对性，并且因为您使用的是 RStudio，所以我将分享一种我经常使用的策略。如果我正确地猜到了你在寻找什么，这应该完全回避这个问题。

首先在 RStudio 中创建一个新项目。打开该项目后，您会发现您的工作目录getwd() 将方便地设置在您的项目文件所在的位置。

如果您正在做更大的事情，您可以使用“ProjectTemplate”包让自己走上正轨。在我的系统上：

# install.packages(c("ProjectTemplate"))
library(ProjectTemplate)
create.project("~/Desktop/MyProject")

这设置了一个项目框架，包括单元测试文件夹、doc 文件夹以及我可能需要的“正确”R 项目的所有其他内容。

接下来我从上面提到的 RStudio 创建一个项目。从现有目录创建它。项目将打开，您的所有路径都将相对于“MyProject”文件夹的根目录。

我还喜欢在使用 git 存储库时对其进行初始化。从 OS X 终端窗口：

$ cd ~/Desktop/MyProject; git init

...然后添加/提交裸骨架

$ git add * ; git commit -m "initial project skeleton"

从您的 RStudio 会话中，您可以加载与项目根目录相关的内容。假设您的数据子文件夹中有 iris.csv：

read.csv("./data/iris.csv", header=TRUE)

【讨论】：

我认为@flodel 对绝对和相对路径的评论更适合我的问题，因为我得到了一个脚本，它在多个点使用对象 WD 并且无法使其工作。