如何在 Google Colaboratory 中使用 R？

Posted 2023-03-16

【中文标题】如何在 Google Colaboratory 中使用 R？

【英文标题】：How to use R with Google Colaboratory?

【发布时间】：2019-07-02 20:46:01

【问题描述】：

Google Colaboratory 支持 Python 2.7 和 3.6 版

前段时间我看到了一个如何在 Colab 中使用 Swift 的示例。

今天正好跑了

!jupyter-kernelspec list

并且发现了一个新内核：IRkernel

Available kernels:
  ir         /usr/local/share/jupyter/kernels/ir
  python2    /usr/local/share/jupyter/kernels/python2
  python3    /usr/local/share/jupyter/kernels/python3
  swift      /usr/local/share/jupyter/kernels/swift

现在是否也可以在 Colab 中使用 R？安装 R 内核不麻烦？

【参考方案1】：

是的。

对于新的 R-notebook，请使用 this link。 （简写为colab.to/r）

您可以从 IRkernel 演示中学习，例如demo.ipynb

在您的 Google 云端硬盘中保存一份副本，然后根据需要进行任何更改。

还有 2 个演示：

Display.ipynb 展示了如何显示 html、图像。 Comm_Demo.ipynb 展示了如何在 R 和 javascript 之间进行通信。

在IRkernel Github查看更多详情。

【讨论】：

所以每次想在 Google Colab 上运行 R 时都应该使用它？！运行它确实会返回一些警告（关于非 Google 授权）。安全吗？

以及如何安装 R 库？

调用install.packages("wordcloud")安装wordcloud库为例。

每次加载notebook都要重新安装包吗？

@Nathan 没错。 ?

【参考方案2】：

如果您想同时使用 Python 和 R，可以对某些单元格使用 R 魔法。

# activate R magic
%load_ext rpy2.ipython

然后，每当您想使用 R 时，请以 %%R 开头的单元格

%%R
x <- 42
print(x)

更多详情rpy2 documentation

【讨论】：

你不需要运行import rpy2 运行load_ext 魔法就足够了

好的，那我拿出来

我完全明白使用魔法命令总比没有选项好，但你必须承认，如果你想在整个笔记本中使用 R，我们必须添加 % 有点疯狂%R 逐个覆盖每个代码单元格的顶部。

只有当您想将一些 R 混合到 Python 笔记本中时，此答案才适用。如果您主要写 R，请使用我上面的第一个答案。

另外，我在 Colab 中使用这种方法安装软件包时遇到了麻烦。我想安装一个包，从该包中调用一个函数，然后在 Python 中处理结果。对于某些软件包，它可以工作，而对于某些软件包则不能。我收到依赖项错误，例如installation of package ‘Rmpfr’ had non-zero exit status

【参考方案3】：

在浏览器中打开此链接以使用 R Kernel 创建一个新笔记本

https://colab.research.google.com/notebook#create=true&language=r

【参考方案4】：

更新：这不再有效（2020 年 7 月）。

以上答案的链接直接指向 R 笔记本，您可以在 R 或 python 之间进行选项更改。奇怪的是，谷歌就这样改变服务。因此，*** 不是一个很好的平台来推广由利润贩卖/数据销售公司创建的工具。

旧答案：

到目前为止，如果您单击菜单栏上的Runtime，然后选择Change Runtime Type，您可以在R 或Python 之间进行选择。

【讨论】：

当我们在新笔记本中点击更改运行时类型时，我们只需更改硬件加速器选项即可。有什么建议吗？

看来 google 删除了更改内核的选项。让我四处挖掘，然后回到它。

非常感谢。看来 Google 正在强迫我们在 google colab 中使用 python。

【参考方案5】：

为了扩展之前的答案，以下是在 R 和 Python 内核之间移动数据帧的方法，以便您可以在同一个笔记本中同时使用两者（例如，如果您想使用 Pandas 加载数据，请使用R 包，然后用 Bokeh 绘制）。

# Pandas dataframe to R data frame
!pip3 install rpy2
%load_ext rpy2.ipython
%R -i df

# R data frame to Pandas dataframe
%R seq.data <- read.delim('sequence.index', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
seq_data = %R seq.data

【参考方案6】：

*****截至 2020 年 11 月 13 日星期五工作

在登录 colab 时转到此 URL https://colab.to/r，应该可以这样做。

您可以检查 R 是否在运行时 -> 更改运行时类型，但它应该已经设置好了。

安装谷歌驱动器：

install.packages("googledrive")
library("googledrive")

if (file.exists("/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/google/colab/_ipython.py")) 
  install.packages("R.utils")
  library("R.utils")
  library("httr")
  my_check <- function() return(TRUE)
  reassignInPackage("is_interactive", pkgName = "httr", my_check)
  options(rlang_interactive=TRUE)
                                                                                    

并验证谷歌驱动器

drive_auth(use_oob = TRUE, cache = TRUE)

【讨论】：

我刚试了一下，效果很好。但是，我仍然无法安装我的驱动器。执行代码后，左侧面板上会出现“安装驱动器”驱动器图标，但单击它会在左下角显示“安装您的 google 驱动器仅在托管的 python 运行时可用”的通知。不知道有没有解决办法，会很有帮助的

嗨，@Nosey，你能解释一下安装驱动器的阶段吗？您仍然可以获取 url 以获取身份验证码吗？它返回“错误：无法获取 Google 凭据。您是否在非交互式会话中运行 googledrive？”。我没有看到 MTerry 提到的任何“安装驱动器”图标...

@hamagust，看看这个文件是否存在？我的python 3.6目录是空的，python 3.7有这个路径。如果我将 3.6 更改为 3.7，它会安装库但我找不到我的文件。我想答案就在这里。有时间我会回来的。如果您解决了，请告诉我们。

【参考方案7】：

另一种快速的方法是将 colab 标题中的 postix、.ipynb 替换为 .r 示例：将 Untitled.ipynb 的名称更改为 Untitled.r，一切正常！

【讨论】：

我刚刚尝试使用正在工作的 .ipynb 笔记本这样做，但没有帮助...运行时是否必须自动更改？