R中纵向荟萃分析的可视化

Posted 2023-03-12

【中文标题】R中纵向荟萃分析的可视化

【英文标题】：Visualisation of longitudinal meta-analysis in R

【发布时间】：2021-12-01 01:42:27

【问题描述】：

我正在尝试在 R 中创建一个线图，将纵向数据绘制为荟萃分析的一部分。我希望在 x 轴上绘制年龄，在 y 轴上绘制体积。一些研究有多达 4 个时间点。我想知道如何连接时间点以显示每项研究中体积随时间的变化，两个临床组分别着色。

我的数据框是长格式，包含列：

作者（例如 Hazlett） 组（例如自闭症、对照组） 时间点（例如 T1、T2、T3、T4） 音量（例如 750、900、1200） 年龄（例如age1、age2、age3、age4（即每个时间点的年龄） 年龄值（例如 5 岁、6.5 岁、24 岁）

我已经尝试使用下面的 R 代码，并且到目前为止已经“横截面”地绘制了每个点，但希望显示每个研究跨时间点的轨迹。我还想为每个临床组（自闭症和对照组）制定一条最适合的路线

ggplot(data_long2,aes(x=ageyears, y = volume, color = group))+
  geom_point()

任何帮助将不胜感激。

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编辑 对于每项研究，我想将每项研究中的时间点连接起来，如下图所示。

在我的一次尝试中，它将所有研究联系在一起，而不仅仅是在每项研究中进行联系。

ggplot(data = data_long2, aes(x = ageyears, y = volume)) + 
  geom_point(size = 3, aes(color = group)) + #colour points by group
  geom_path(aes(group = group)) + #spaghetti plot
  stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x, aes(group = group, colour = group)) + #line of best fit by group
  ylab("Volume (mm cubed)") +
  xlab("Age (years)") +
  theme_bw()

代码来自：Visualizing longitudinal data with a trajectory/best-fitting mean growth curve and a spaghetti plot using R

【参考方案1】：

您好，欢迎来到 ***。

要在你的情节中加入回归线，你可以做一个

ggplot(data_long2,aes(x=ageyears, y = volume, color = group)) + 
geom_point() + 
geom_smooth(method = "lm", se = FALSE)

这里有一些很好的参考：Adding a regression line on a ggplot

要绘制轨迹，我会看看这个优秀的来源： https://stats.idre.ucla.edu/r/faq/how-can-i-visualize-longitudinal-data-in-ggplot2/

也许您可以更详细地说明您的问题，以便我可以更好地帮助您。

Rgds

【讨论】：

非常感谢您帮助我进行回归线。我已经用我想要绘制的轨迹类型的图片编辑了我的帖子。我希望轨迹在“研究范围内”，而不是一条将所有研究连接在一起的线。

我尝试使用该链接，但无法实现我希望的情节。你知道我如何连接个人研究的时间点吗？一项研究显示了我想为每个时间点连接的 3、5、10 岁的点，而另一项研究可能有应该连接 5、12、20 岁的数据。在每项研究中还有 2 组：对照组和实验，我想在图中显示为单独的颜色。任何帮助将不胜感激。