VCF 文件缺少强制性标题行（“#CHROM...”）

Posted 2023-03-11

【中文标题】VCF 文件缺少强制性标题行（“#CHROM...”）

【英文标题】：VCF file is missing mandatory header line ("#CHROM...")

【发布时间】：2022-01-20 14:01:32

【问题描述】：

当我要使用 docker 映像和操作系统 ubuntu 18.04 中的 scikit-allel 库读取 VCF 文件时，出现错误。这表明

raise RuntimeError('VCF 文件缺少强制标题行 ("#CHROM...")') RuntimeError: VCF 文件缺少强制标题行 ("#CHROM...")

但在 VCF 文件中是格式良好的。

这是我如何申请的代码：

import pandas as pd
import os
import numpy as np
import allel
import tkinter as tk
from tkinter import filedialog
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.stats import norm

GenomeVariantsInput = allel.read_vcf('quartet_variants_annotated.vcf', samples=['ISDBM322015'],fields=[ 'variants/CHROM', 'variants/ID', 'variants/REF',
 'variants/ALT','calldata/GT'])

安装的版本： 蟒蛇 3.6.9 Numpy 1.19.5 熊猫 1.1.5 scikit-allel 1.3.5

【参考方案1】：

你需要在第一行添加这样的一行：

#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003

但并非所有文件都是静态的，您必须像上面一样为您的文件创建Header。 （我建议先试试这个标题，如果有错误，然后自定义它）

【讨论】：

感谢您的建议。我确实喜欢，但仍然遇到同样的错误