在 Linux 环境中使用 cmake 安装时 HDF5 的未定义符号

Posted 2023-03-11

【中文标题】在 Linux 环境中使用 cmake 安装时 HDF5 的未定义符号

【英文标题】：Undefined symbol for HDF5 when installing with cmake in Linux environment

【发布时间】：2019-03-27 21:42:39

【问题描述】：

我已经能够使用 CMake（使用 HDF5）安装和启动程序，但是一旦我访问所述程序的“关于”下拉链接，它就会崩溃并出现以下错误：

python: symbol lookup error: /nobackup/<user id>/program-devel/dist_linux/bin_linux/libprogramDLL.so: undefined symbol: h5lib_MP_h5get_libversion_f_

我认为这是链接静态库的问题，但不幸的是，我对 CMake 很陌生，无法找出根本问题。我知道这个“符号”以某种方式与libhdf5_fortran.a 相关联，并且在我的缓存中列出：

   $ grep -rnw '/nobackup/<user id>/program-devel/build' -e "libhdf5_fortran"
/nobackup/<user id>/program-devel/build/CMakeCache.txt:234:ToolkitLib_LIB_DEPENDS:STATIC=general;SomeLib;general;libz.a;general;libhdf5.a;general;libhdf5_fortran.a;

我不确定这是否是问题所在，但这是来自 ToolKit 文件 - CMakeLists.txt。

if ($USE_HDF5)
      #link_directories ($HDF5_DIRECTORY/lib)
      if (WIN32)
          target_link_libraries(ToolkitLib libszip libzlib libhdf5 libhdf5_f90cstub libhdf5_fortran)
      else ()

            # doesn't seem to work on Linux for some reason....
          #target_link_libraries(ToolkitLib libsz libz libhdf5 libhdf5_fortran)

          # ... try this ... seems to be getting the shared libs...not the static ones...
          # set(HDF5_LINK_FLAGS "-L$HDF5_DIRECTORY/lib -lz -lhdf5_fortran -lhdf5")
          # SET(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "$CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS $HDF5_LINK_FLAGS")
          # SET(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "$CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS $HDF5_LINK_FLAGS")

            # ... doesn't work either ...
          target_link_libraries(ToolkitLib libz.a libhdf5.a libhdf5_fortran.a)

      endif()
endif()

最后 4 个“target_link_library”元素位于我添加到 LD_LIBRARY_PATH 的目录中（尽管我听说这不是首选方法）。当我发出gmake install 时，还有一个可能相关的最终输出行：

    -- Set runtime path of "/nobackup/<user id>/program-devel/dist_linux/bin_linux/libProgramDLL.so" to "$ORIGIN/"

【问题讨论】：

cmake 提供函数FindHDF5 cmake.org/cmake/help/v3.3/module/FindHDF5.html 成功找到HDF5后，添加一次include_directories($CMAKE_Fortran_MODULE_DIRECTORY $HDF5_Fortran_INCLUDE_DIRS) 和target_link_libraries(ToolkitLib $HDF5_Fortran_LIBRARIES $CMAKE_DL_LIBS) 为库。如果 HDF5 不在标准位置，请使用export HDF5_ROOT=/path/to/hdf5在调用 cmake。

感谢您帮助我学习！我正在查看 FindHDF5 定义了 HDF5_Fortran_INCLUDE_DIRS 和 HDF5_Fortran_LIBRARIES 的位置，但我是否手动设置了 CMAKE_Fortran_MODULE_DIRECTORY 和 CMAKE_DL_LIBS？此外，通过提供类似find_package(HDF5 COMPONENTS Fortran NO_MODULE REQUIRED static) 的命令，我看到了与FindHDF5 一样的首选方法（或者可能是相同的方法）。这些实际上是一样的吗？

我实际上总是定义CMAKE_Fortran_MODULE_DIRECTORY，但你是对的：它不应该被需要。如果没有CMAKE_DL_LIBS，我在 linux 上使用 cmake 和 hdf5 的某些组合构建问题。我认为将它们包含在 Fortran 中并不是默认设置，但至少动态绑定需要 -ldl 标志。对于静态版本，它应该不需要。

好吧，不幸的是我遇到了无法找到配置文件的问题。我在安装目录、我的程序的 build 和 src 目录中进行了搜索，但它不存在。 CMake Error at Toolkit/CMakeLists.txt:101 (find_package): Could not find a package configuration file provided by "HDF5" with any of the following names: HDF5Config.cmake hdf5-config.cmake Add the installation prefix of "HDF5" to CMAKE_PREFIX_PATH or set "HDF5_DIR" to a directory containing one of the above files.

你有什么版本的cmake？

【参考方案1】：

看来我通过在 hdf5 安装 bash 脚本上添加 --with-pic 解决了我的问题。我还必须从src 目录中的CMAKE_Fortran_FLAGS 中删除-standard-semantics。这两件事以及您提供的帮助解决了我的问题。非常感谢皮埃尔·德·布伊尔！