如何在 Ubuntu 上安装 R 包“RNetCDF”和“ncdf”?

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【中文标题】如何在 Ubuntu 上安装 R 包“RNetCDF”和“ncdf”?【英文标题】:how to install R packages "RNetCDF" and "ncdf" on Ubuntu? 【发布时间】:2012-07-04 09:41:08 【问题描述】:

我想在 Ubuntu 中使用 R 包 RNetCDF 和 ncdf。

当我尝试install.packages('RNetCDF')install.packages('ncdf') 时,我得到了类似的错误:

...
ncdf.c:3:20: fatal error: netcdf.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [ncdf.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘ncdf’
...
Warning message:
In install.packages("ncdf") :
  installation of package ‘ncdf’ had non-zero exit status

安装了来自 Ubuntu 存储库的包 libnetcdf6netcdf-bin。我需要做其他事情吗?

【问题讨论】:

您需要安装这些包的-dev 以获取编译包所需的头文件。 @贾斯汀谢谢。 ncdf 唯一需要的附加包是 libnetcdf-dev RNetCDFudunits-binlibudunits2-dev 也是必需的 【参考方案1】:

您需要安装这些包的-dev 以获取编译包所需的标头。在这种情况下,您需要libnetcdf-devudunits-binlibudunits2-dev

【讨论】:

为了安装ncdf4包(对ncdf包的更新),我还需要运行sudo apt-get install netcdf-bin 有谁知道为什么这仍然是必要的?这个答案已经 7 年了,它仍然需要某种烫发修复。【参考方案2】:

就我而言,需要 libudunits2-dev 包。

sudo apt-get install libudunits2-dev

由于我从源代码安装 NetCDF,我不得不手动指定 libinclude 文件夹的位置

install.packages("/home/user/Downloads/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz", 
repos = NULL,
type="source",
dependencies=FALSE,
configure.args="--with-netcdf-include=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/include --with-netcdf-lib=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/lib")

【讨论】:

【参考方案3】:

只是澄清一下,因为您最初的问题是在 R 中,并且修复是在 R 之外应用的。我最初试图这样做

install.packages("libnetcdf-dev"),这不起作用。

相反,从 R 外部:sudo apt-get install libnetcdf-dev

这为我解决了问题。

【讨论】:

【参考方案4】:

在 Ubuntu 20.04 LTS 中,可以使用 bash 命令 sudo apt install r-cran-ncdf4 安装 ncdf4 包(supersedes ncdf),包括所有依赖项。同样对于 RNetCDF,您可以使用 sudo apt install r-cran-rnetcdf

【讨论】:

以上是关于如何在 Ubuntu 上安装 R 包“RNetCDF”和“ncdf”?的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

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