如何在 Ubuntu 上安装 R 包“RNetCDF”和“ncdf”？

Posted 2023-03-11

【中文标题】如何在 Ubuntu 上安装 R 包“RNetCDF”和“ncdf”？

【英文标题】：how to install R packages "RNetCDF" and "ncdf" on Ubuntu?

【发布时间】：2012-07-04 09:41:08

【问题描述】：

我想在 Ubuntu 中使用 R 包 RNetCDF 和 ncdf。

当我尝试install.packages('RNetCDF') 或install.packages('ncdf') 时，我得到了类似的错误：

...
ncdf.c:3:20: fatal error: netcdf.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [ncdf.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘ncdf’
...
Warning message:
In install.packages("ncdf") :
  installation of package ‘ncdf’ had non-zero exit status

安装了来自 Ubuntu 存储库的包 libnetcdf6 和 netcdf-bin。我需要做其他事情吗？

【问题讨论】：

您需要安装这些包的-dev 以获取编译包所需的头文件。

@贾斯汀谢谢。 ncdf 唯一需要的附加包是 libnetcdf-dev

RNetCDF、udunits-bin 和 libudunits2-dev 也是必需的

【参考方案1】：

您需要安装这些包的-dev 以获取编译包所需的标头。在这种情况下，您需要libnetcdf-dev、udunits-bin 和libudunits2-dev

【讨论】：

为了安装ncdf4包（对ncdf包的更新），我还需要运行sudo apt-get install netcdf-bin

有谁知道为什么这仍然是必要的？这个答案已经 7 年了，它仍然需要某种烫发修复。

【参考方案2】：

就我而言，需要 libudunits2-dev 包。

sudo apt-get install libudunits2-dev

由于我从源代码安装 NetCDF，我不得不手动指定 lib 和 include 文件夹的位置

install.packages("/home/user/Downloads/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz", 
repos = NULL,
type="source",
dependencies=FALSE,
configure.args="--with-netcdf-include=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/include --with-netcdf-lib=/usr/local/netcdf-4.2.1-build/lib")

【参考方案3】：

只是澄清一下，因为您最初的问题是在 R 中，并且修复是在 R 之外应用的。我最初试图这样做

install.packages("libnetcdf-dev")，这不起作用。

相反，从 R 外部：sudo apt-get install libnetcdf-dev

这为我解决了问题。

【参考方案4】：

在 Ubuntu 20.04 LTS 中，可以使用 bash 命令 sudo apt install r-cran-ncdf4 安装 ncdf4 包（supersedes ncdf），包括所有依赖项。同样对于 RNetCDF，您可以使用 sudo apt install r-cran-rnetcdf。