如何将诊断预测模型应用于新数据

Posted 2023-02-14

【中文标题】如何将诊断预测模型应用于新数据

【英文标题】：How to apply diagnostic prediction model to new data

【发布时间】：2021-05-13 02:22:53

【问题描述】：

在一些帮助下，我对增强型和多重插补数据集执行了 LASSO 回归，以构建一个诊断模型，该模型可以使用大量预测变量来区分疾病 A 和疾病 B。

最终，我得到了下表，其中包含选定的变量（这些都是以是/否为结果的分类变量）及其系数：

Predictor	mean regression coefficient
Intercept	10.141
var1	1.671
Var2	-1.971
Var3	-5.266
Var4	-2.244
Var5	5.266

我的问题是：我如何使用上表来预测新患者（尚未用于建立 te 模型）是否患有疾病 A 或疾病 B。

我想到了以下几点：

截距 + (1.671 (var1) x 0 或 1) - (1.971 (var2) x 0 或 1) - (5.266 (var3) x 0 或 1) ..... + (5.266 (var5) x 0或 1) = X

患疾病 A 的概率（在数据集中编码为 1）= e^X / (1+ e^X)

但是这种方法正确吗？

我希望有人可以帮助我！

【参考方案1】：

是的，因为您描述的是逻辑回归，所以这些步骤是正确的。这些是根据您的模型计算预测的步骤。

a) 将系数乘以 x 变量，确保包括截距（如果适用）（值为 1）

b) 对 a) 的结果求和

c) 取幂以产生对数赔率

d) 用 log_odds / (1 + log_odds) 计算最终概率

您没有提到具体的语言，但这里有一些使用pandas/numpy 的python 中的伪代码，假设数据集x_variables 和coefficients 的pandas series。

scores = x_variables.transpose()
scores = transpose_predictors.mul(coefficients, axis = 0)
sum_scores = scores.sum(axis = 0, skipna = True)
log_odds = np.exp(sum_scores)
final_scores = log_odds / (1 + log_odds)

编辑：R 中的代码相同，其中coefficients 是系数值的向量。

# do the scoring via matrix multiplication
scores <- t(t(x_variables) * coefficients)

# sum the scores by row and exponentiate. 
log_odds <- exp(rowSums(scores, na.rm = TRUE))
final_scores <- log_odds / (1 + log_odds)

【讨论】：

非常感谢您的回复！我对python不熟悉，但是你能在R中给出上面的代码吗？非常感激。另外，在步骤 a) 中，您的回答是：所以无论系数是负值还是正值，我都应该分别从截距中减去或添加，对吗？

没问题，我编辑添加了等效的 R 代码。从技术上讲，这都是加法，但是当您乘以负系数时，该符号将流过，因此您将添加一个负数（例如 Var2 的情况）。因此，在这些情况下，它在功能上变成了减法。