GAMETES 软件可设置的各种参数解释

Posted 2022-12-03 sgyzetrov

Model Generation 可以生成特定的两位点模型（heritability 0.2, MAF 0.2）
可以设定的参数有：number of attributes, heritability, MAF, population prevalence, the name of SNP, the model difficulty metric used to identify quantiles, the quantile count, quantile population size

Number of attributes
模型中SNP位点的个数
Heritability
遗传率，个体间可观察到的差异是由于基因差异造成的，如果heritability的数值过高，那么GAMETES就不能生成随机模型了
Population prevalence（K）
人群中所患病的比例，0和1之间，建议将K值设为默认
MAF
最小等位基因频率， 0.05到0.5
Quantiles
选择EDM或者Odds Ratio
Quantile Count
保存到模型输出文件中模型架构的数量
Quantile Population Size
根据给定的模型约束条件你希望GAMETES创建的随机模型架构数目
Quantile Count <= Quantile Population Size

Create Models
Quantile Count = 1
允许修改三个参数：the number of attributes, penetrance（外显率，是指个体具有特定基因型组合的疾病的概率）, MAF
Marginal penetrances
只考虑单个SNP位点时，每个基因型患病的概率

---

https://blog.csdn.net/weixin_40427928/article/details/78326806
https://blog.csdn.net/S_gy_Zetrov/article/details/79774928