软件版本过低，更换软件源相关问题

Posted 2023-05-03

参考技术A 当我在进行生物信息学分析的时候，需要使用samtools这个软件的附带软件bcftools来进行文件格式的转换，首先我通过sudo apt install samtools 安装了samtools这个软件，但是当我使用bcftools这个软件的时候报错，显示无法识别的命令，于是我就特地装了一遍bcftools，再次运行还是报错，显示版本过低，于是我查看samtools和bcftools的版本都很低，都是1.19，而老师课件使用的两者都是1.7，于是首先我想着，通过sudo apt-get update更新软件源，当我更新软件源后，再次重复上述过程安装二者并使用，但是版本仍未改变，因为我用的是阿里云的服务器，于是我想可能是服务器自身的软件源的问题，于是想着将软件源更改为ubuntu官方的软件源，通过

1、备份原始文件

sudo cp /etc/apt/sources.list.d/sources-aliyun-0.list /etc/apt/sources.list.d/sources-aliyun._backup 

2、修改文件并添加源

vi /etc/apt/sources.list.d/sources-aliyun-0.list 

并将下述内容添加到其后：

# See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to # newer versions of the distribution. deb http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic main restricted deb-src http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic restricted multiverse main universe #Added by software-properties deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial main restricted ## Major bug fix updates produced after the final release of the ## distribution. deb http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted deb-src http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic-updates restricted multiverse main universe #Added by software-properties # deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates main restricted ## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu ## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any ## review or updates from the Ubuntu security team. deb http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic universe # deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial universe deb http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic-updates universe # deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates universe ## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu  ## team, and may not be under a free licence. Please satisfy yourself as to  ## your rights to use the software. Also, please note that software in  ## multiverse WILL NOT receive any review or updates from the Ubuntu ## security team. deb http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic multiverse # deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial multiverse deb http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic-updates multiverse # deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates multiverse ## N.B. software from this repository may not have been tested as ## extensively as that contained in the main release, although it includes ## newer versions of some applications which may provide useful features. ## Also, please note that software in backports WILL NOT receive any review ## or updates from the Ubuntu security team. deb http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse deb-src http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse #Added by software-properties # deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-backports main restricted universe multiverse ## Uncomment the following two lines to add software from Canonical's ## 'partner' repository. ## This software is not part of Ubuntu, but is offered by Canonical and the ## respective vendors as a service to Ubuntu users. deb http://archive.canonical.com/ubuntu bionic partner # deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu xenial partner deb http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic-security main restricted deb-src http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic-security restricted multiverse main universe #Added by software-properties # deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security main restricted deb http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic-security universe # deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security universe deb http://mirrors.cn99.com/ubuntu/ bionic-security multiverse deb https://dl.winehq.org/wine-builds/ubuntu/ bionic main # deb-src https://dl.winehq.org/wine-builds/ubuntu/ bionic main deb https://dl.winehq.org/wine-builds/ubuntu/ xenial main # deb-src https://dl.winehq.org/wine-builds/ubuntu/ xenial main # deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security multiverse 

3、更新源

sudo apt-get update

但是报如下错：

首先是sources-aliyun._backup和/sources-aliyun-0.list放在了同一个文件夹，于是我将备份文件夹移到文件外，然后再次运行，仍然报错如下

报错显示Key is not abailable

于是通过下述命令进行修复（注意winehq.key不要生成在sources.list.d内）：

wget -nc https://dl.winehq.org/wine-builds/winehq.key

sudo apt-key add winehq.key 

然后再次更新源  sudo apt-get update

本次成功，然后再次通过sudo apt install安装samtools和bcftools，安装后查看版本已成功更新为1.7版本，然后使用软件进行分析时也不再报错。

MSYS2更换软件源

MSYS2更换软件源

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方法

更新软件源，只需要将msys64etcpacman.d 目录下的三个文件改为需要配置的软件源即可。

mirrorlist.msys 

mirrorlist.mingw64 

mirrorlist.mingw32

由于时而有更新，所以软件源网址有时候也更新，如果出现以下问题，可能配置就不正确。

错误：无法从 mirrors.ustc.edu.cn : The requested URL returned error: 404 获取文件 ‘mingw64.db‘
错误：无法从 mirror.bit.edu.cn : The requested URL returned error: 404 获取文件 ‘mingw64.db‘
 mingw64 已经是最新版本
错误：无法从 mirrors.ustc.edu.cn : The requested URL returned error: 404 获取文件 ‘msys.db‘

此时，可以直接访问需要更换的软件源，如中科大，直接访问网址中科大软件源，找到需要安装的软件源位置，找到需要的包的URL，备份之前的镜像文件，新建文件删除之前的内容，在对应文件中用以下格式写入即可。

## Server = 需要软件源的URL，如下：

Server = http://mirrors.ustc.edu.cn/msys2/msys/$arch

Server = http://mirrors.ustc.edu.cn/msys2/mingw/x86_64

Server = http://mirrors.ustc.edu.cn/msys2/mingw/i686

其他镜像同理类似，哈哈，速度很快的。