QIIME基础应用（二）

Posted 2023-04-30

参考技术A 三、质量控制

该步骤的质量控制主要包括三个方面：去除嵌合体、去除单一序列、去除非细菌序列和叶绿体序列。

1、去除嵌合体序列

去除嵌合体序列主要包括：嵌合体序列的确定、从序列文件中删除嵌合体和从OTU table中删除嵌合体。

（1）嵌合体序列的确定：

QIIME中提供了identify_chimeric_seqs.py命令以确定嵌合体，方法主要有ChimeraSlayer和USEARCH 6.1两种，但是，经尝试，速度均很慢，所以可以直接使用Mother中UCHIME方法确定嵌合体。使用上面第三步得到的Alignment序列，进行嵌合体确定，嵌合体序列被记录在.accnos文件中，将文件后缀改为.txt得到chimeraID.txt文件。

（2）从序列文件中删除嵌合体

-s选项为只包含序列名的文件（例如上步得到的chimeraID.txt），加上-n选项表示从序列文件中删去该文件中出现的序列，不加-n选项则表示只保留这部分序列。

（3）从OTU table中删除嵌合体

两种方法可以实现：

一是重新生成新的OTU table，在上面第七步make_otu_table.py中加入去除嵌合体的选项：

二是在第七步得到的OTU table中删除：

2、去除单一序列：

单一序列（Singleton）是指在所有测序结果中只包含一条序列的OTU，针对OTU table操作同样使用filter_otus_from_otu_table.py命令进行去除：

3、去除非细菌序列和叶绿体序列：

根据进化分类的信息，仅保留细菌序列，同时去除叶绿体序列，使用filter_taxa_from_otu_table.py命令操作：

其中-p选项为仅保留，-n选项为去除，注意k和c后面为连续两条下划线。

当然，2、3两步只是针对OTU table进行处理，如果需要针对.fasta序列文件删除该部分序列，可以通过filter_fasta.py结合OTU table的biom文件实现：

这样得到的序列文件就可以重新进行上面第二项中的5、6两小步，即对齐、剪切、建树。

四、Biom格式的OTU table操作

经过质控后，我们最终得到了OTU table，这是下游分析的基础。

（1）Biom格式的OTU table描述：

执行该命令可以得到OTU table的一些基本信息，包括各样品包含的序列条数等。

（2）为方便后续使用其他软件进行统计分析，需要将Biom格式OTU table转化为.txt的文本格式：

java基础之JDBC二：基础应用

JDBC的基础应用CURD：

增删改

public void noQuery() {
    Connection conn = null;
    Statement stat = null;
    try {
        //注册驱动
        Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
        //获取连接对象
        conn = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql:///tempDb", "root", "123");
        stat = conn.createStatement();
        String sql = "---";
　　　　//执行
       int num = stat.executeUpdate(sql);
        if(num > 0) {
            System.out.println("操作成功");
        } else {
            System.out.println("操作失败");
        }
        //释放资源
        stat.close();
        conn.close();
    } catch (Exception e) {
        e.printStackTrace();
    }
}

 

查询

public static void query() {
    Connection conn = null;
    Statement stat = null;
    try {
        //注册驱动
        Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
        //获取连接对象
        conn = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql:///tempDb", "root", "123");
        stat = conn.createStatement();
        String sql = "select * from users";
        //执行
        ResultSet rs = stat.executeQuery(sql);
        while (rs.next()) {
            int id = rs.getInt("uid");
            String name = rs.getString("uname");
            String psw = rs.getString("psw");
            System.out.println(id + "--" + name + "--" + psw);
        }
        //释放资源
        rs.close();
        stat.close();
        conn.close();
    } catch (Exception e) {
        e.printStackTrace();
    }
}