ImageJ的单细胞荧光强度分析

Posted 2022-10-30 SpikeKing

软件：FIJI，FIJI Is Just ImageJ

1. 加载图像

将RGB图像，输入至ImageJ，同时，生成图像的备份，避免修改原图：

• Option + Shift + D：Duplicate生成图像，默认为 原图像名称-1 ；

• Command + Shift + D：Duplicate生成图像，可选图像名，默认为 原图像名称-1 ；

Raw	Duplicate

2. 获取灰度通道

转换颜色空间 RGB -> Lab，分离通道，转换为8-bit图像

• 转换颜色空间：Image -> Type -> Lab Stack

• 提取通道：Image -> Color -> Split Channels

• 转换为 8 Bit 图像：Image -> Type -> 8-bit

图像：

Lab	通道1	8 -bit

3. 平衡、阈值、分水岭操作

将图像平滑，再根据阈值提取Mask，再进行分水岭操作，拆分粘连区域。注意，需要提前修改 BinaryOptions的设置 和 Threshold的设置：

• 需要提前设置BinaryOptions，否则报错：Process -> Binary -> Options，勾选 Black background
• 平滑操作：Process -> Smooth (Command + Shift + S)
• 阈值操作：Image -> Adjust -> Threshold (Command + Shift + T)
• 分水岭操作：Process -> Binary -> Watershed，深入研究：Plugins -> BioVoxxel -> Watershed Irregular Features

BinaryOptions报错信息：

"Black background" not set in Process>Binary>Options; inverting LUT

Smooth	Threshold	Threshold - Apply	Watershed

参数设置：

BinaryOptions	Threshold

4. 分析强度

分析粒子，需要修改 Analyze Particles 的配置 和 Set Measurements 的配置：

• 分析粒子：Analyze -> Analyze Particles
• 修改Measurements的设置：Analyze -> Set Measurements

Analyze Particles	Set Measurements

输出3个窗口：Results、Summary、ROI Manager

Results	Summary	ROI Manager

ROI可以迁移到任意图像，Mask、GRAY、RGB都可以，选择不同图像，点击 ROI Manager 的 Show All 和 Labels，即可。

Mask	GRAY	RGB

统计强度：

1. 修改Measurements的设置：Analyze -> Set Measurements
2. 清空Results结果：右键 -> Clear Results
3. 选择灰度图像，再点击 ROI Manager 的 Measure，进行测量
4. Results的值发生变动，点击 Results -> Summary，统计汇总值，增加Mean、SD、Min、Max等4行

Results	Summary