如何安装和初始设定并使用conda

Posted 2023-03-02

参考技术A 1. 该装anaconda还是miniconda？

anaconda可以认为是一个完整版本的conda，里面有很多已经装好的软件，miniconda是精简版，里面什么都没装，所有想用的软件都是现用现装，推荐装miniconda。

2. miniconda的安装

MacOS:

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

Linux:

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Win10 bash:

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh

一顿yes之后，就可以了。关闭terminal再重新打开，输入conda，应该会显示很多选项。

3. 激活bioconda:

conda config --add channels r

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda

上述命令只需运行一次即可，以后都不用再运行这些了。

4. 更新conda:

首先要deactivate conda:

source deactivate

然后更新conda:

conda update conda

5. 使用conda:

创建一个名为bioinfo的environment:

conda create -y --name bioinfo python=3.7

然后激活bioinfo:

source activate bioinfo

装一个软件合集（来自biostar handbook）:

curl http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt | xargs conda install -y

如果以后需要装这个软件合集里没有的软件，则只需：

conda install toolname

即可。

6. 更新biostar handbook提供的软件合集（推荐一年一次）：

curl http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt | xargs conda upgrade